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输出这个确切的文本：12 hi1234 fghi123456 defghi12345678 bcdefghi12345678 bcdefghi123456 defghi1234 fghi12
浏览 0提问于2018-06-25得票数 17
(注意:标记应该是tophat2和bowtie2，但我没有创建新标记的要点)这里是错误：[2015-12-29 12:58:33] Checking for Bowti
浏览 7修改于2015-12-30得票数 1
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但是，当我尝试安装bowtie2 (conda install -c bioconda bowtie2)时，我得到以下消息：bowtie2
有什么问题吗？
浏览 19提问于2022-10-13得票数 0
我正在尝试使用Bowtie进行端到端的局部对齐。我收到了这个错误消息：在我的安装和bowtie2我使用以下命令：
/opt/bowtie2/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 64 -x /mnt/mi
浏览 15修改于2016-07-22得票数 2
我想从python传递一个存储在变量inp_a中的输入fasta文件到bowtie，并将输出写到另一个out_a中。我想使用os.system ('bowtie inp_a out_a')，你能帮我吗
浏览 0提问于2015-01-21得票数 0
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当我用Bowtie2选项调用-x <dir>时，我得到的错误是，我的索引不是Bowtie 2索引。我做错了什么？下面是截图：
浏览 15修改于2022-10-01得票数 0
我需要我的两种对齐文件都是bowtie和samtools格式，这样我就可以将它们输入到管道中的不同程序中。是否有任何方法可以将sam对齐文件转换为bowtie对齐文件，反之亦然？另一种方法是对齐两次，并让bowtie程序在每种情况下以不同的格式输出它。然而，这浪费了太多的时间。
浏览 1修改于2013-08-06得票数 1
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下面是我使用的命令，是基于bowtie2的基因组序列比对： do done
因此，使用这个命令，bowtie2与我的所有文件对齐，但
浏览 2提问于2020-11-02得票数 1
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然而，当breseq使用bowtie2将原始数据与参考基因组对齐时，我遇到了一个致命的错误。/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --localError: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-
浏览 51提问于2017-02-01得票数 3
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我在bash脚本中使用bowtie索引生成了bowtie索引文件，如下所示：(在这里可以找到脚本：)export BOWTIE_INDEXES="$(dirname ${EBWT})/"tophat -p 4 -G $GTF(在这里可以找到脚本：)
当我运行这个脚本时，我
浏览 4修改于2014-10-10得票数 0
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我最近通过预编译的二进制文件下载了Bowtie2-2.3.4，并将文件位置添加到我的路径中。我还安装了草莓perl，并将该位置添加到我的路径中。当我尝试通过键入bowtie2，bowtie2 -- version，bowtie1 - inspect来确定bowtie2是否正确安装时，得到消息："Can't open perl script "Cbowtie2在python文件夹中查找的是什么？
浏览 20提问于2021-05-29得票数 0
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我在联接操作中使用了\bowtie符号，但是当我试图将文本直接放在符号下标中时，我会得到以下错误：
...a_{t{pId}}t{person}\右)\pId{pId}{1}=t{pId}{2}我忽略了这个错误的
浏览 5修改于2010-05-24得票数 5
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将测试读数映射到参考基因组。参照串可以是由A、C、T和G的组合构成的一百万个碱基对，我从一个角度思考，如果我必须用我喜欢的语言写我的领结，那么我需要遵循的测试阅读，参考基因组比较规则。
浏览 7修改于2013-06-13得票数 0
其他地方都没错，输出的 -S 无论怎么写都说我Could not locate a Bowtie index corresponding to basename，有哪位大神知道是哪里出问题了？
浏览 213提问于2022-10-18
DPREFETCH_LOCALITY=2 -DBOWTIE_MM -DBOWTIE_SHARED_MEM -DNDEBUG -Wall \ -o bowtie-buildebwt_build.cpp \
ccnt_lut.cpp ref_read.cpp alphabet.cpp shmem.cpp edit.cpp ebwt.cpp tinythread.cpp bowtie_build_main.cppinstruction suffix for `popcnt
浏览 4修改于2014-06-03得票数 1
我的目标是有效地将包含短DNA序列读取的bowtie2映射的bam文件转换为包含映射开始和百分比标识的简单表。我即将完成这一任务，但我的解决方案非常缓慢，无法处理一个重要的例外。/bowtie_results/$tab.tab ] while read -r l
do
浏览 3提问于2015-09-23得票数 3
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为此，需要运行一些程序，如: bowtie2，samtools或bedtools，这些程序在Linux上可以很容易地通过anaconda下载，但在Windows上却令人头疼。os.system('source ~/.bashrc')#Using conda to install bowtie2, samtools and bedtools
os.system('conda install -c bioco
浏览 3提问于2020-12-20得票数 0
console output:**
(基地) mymac:~ D____$ conda创建-名称ngstools fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2收集包元数据(repodata.json)：完成解决环境:失败
samtools
浏览 27修改于2022-12-01得票数 1
我找不到一种方法在基于AWS linux的操作系统中安装Bioinformatics和其他受支持的软件包，而这些软件包在ubuntu中工作，他们的文档显示它们支持基于linux的操作系统。有什么命令可以解决这个问题吗？
浏览 63提问于2021-04-22得票数 0
Stumpy 221_L8_1.fq.gz 221_L8_2.fq.gz我需要做的是为它们中的每一个运行bowtie2命令，其语法为；所以我想要做的是
浏览 0提问于2020-10-20得票数 0
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