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找不到与basename对应的Bowtie索引
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Stack Overflow用户
提问于 2016-07-21 18:47:47
回答 0查看 3.8K关注 0票数 2

我是鲍蒂的新手。我正在尝试使用Bowtie进行端到端的局部对齐。我收到了这个错误消息:

代码语言:javascript
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Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/bowtie2-index/hg19"

在我的安装和bowtie2-index/hg19文件夹中,有6个bt2文件。我使用以下命令:

代码语言:javascript
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/opt/bowtie2/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 64 -x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19 -S /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.sam -1 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f1.fastq -2 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f2.fastq
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/38502194

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