通过WSL在windows中安装生物信息学软件包，如bowtie2。

Question

我正在尝试用python开发一个GUI来分析tRNA-Seq数据，它可以在Linux和Windows上运行。为此，需要运行一些程序，如: bowtie2，samtools或bedtools，这些程序在Linux上可以很容易地通过anaconda下载，但在Windows上却令人头疼。这个程序不能在Windows上下载，所以我不得不安装Windows Subsystem for Linux (WSL)，并尝试通过这种方式下载。

为此，我开发了以下python脚本(anaconda_setup.py)：

import os

#Download the file for Linux, altough this script will run only on Windows Subsystem for Linux
os.system('curl -O https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Checking the integrity of the file
os.system('sha256sum Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Running the .sh script
os.system('bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Compiling from source
os.system('source ~/.bashrc')
os.system('Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Using conda to install bowtie2, samtools and bedtools
os.system('conda install -c bioconda bowtie2')
os.system('conda install -c bioconda samtools')
os.system('conda install -c bioconda bedtools')

然后，我在主脚本中使用以下代码来调用其他脚本：

import os
...
os.system("wsl python3 anaconda_setup.py")

有了这个，anaconda安装正确了，但我不确定它是安装在windows上还是安装在WSL上。但是我得到了下一个错误：

sh: 1:源:未找到sh: 1: conda:未找到

另一方面，我已经从CMD进入WSL，我可以手动运行conda.exe和conda，但我不能自动运行。此外，从命令驱动我不能运行："wsl conda“(错误: /bin/bash: conda:命令未找到)，但我可以运行wsl conda.exe没有任何问题。

你知道我做错了什么吗?或者我该怎么解决这个问题？

非常感谢。

Answer 1

使用用于anaconda的Linux安装程序安装用于wsl2的anaconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

检查conda命令是否运行，如果没有，必须将路径导出到.bashrc文件中

export PATH=/home/user/anaconda3/bin:$PATH

再次运行conda，它现在就可以工作了。您可以在wsl2中使用conda安装所需的软件。

希望这能帮到你。有关更多信息，请访问此post

Answer 2

以下是您可以遵循的步骤。

1. 你必须安装Ubuntu终端。如果没有，请在安装Ubuntu后从Microsoft Store.miniconda下载，使用命令sudo apt install wget
2. Install

安装

1. ，因为miniconda是anaconda的轻量级版本，可以节省大量的Ubuntu miniconda安装程序。使用bioconda通道conda install -c bioconda bowtie2

的wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• Install miniconda bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• export PATH export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH

• Install bowtie2