尝试创建一个循环，该循环将遍历一个列表，并使用该列表中的某些字段作为bowtie2命令的一部分

Question

首先，这是我在这里的第一个问题，我刚刚注册，我是unix的新手，所以如果我做错了什么，请原谅。

好的，我有一个这样的文件，叫做fqfiles；

216     Slender 216_L8_1.fq.gz  216_L8_2.fq.gz
222     Stumpy  222_L8_1.fq.gz  222_L8_2.fq.gz
218     Slender 218_L8_1.fq.gz  218_L8_2.fq.gz
220     Stumpy  220_L8_1.fq.gz  220_L8_2.fq.gz
221     Stumpy  221_L8_1.fq.gz  221_L8_2.fq.gz
219     Slender 219_L8_1.fq.gz  219_L8_2.fq.gz

我需要做的是为它们中的每一个运行bowtie2命令，其语法为；

bowtie2 -x Trypanosoma_brucei_brucei -1 216_L8_1.fq.gz -2 216_L8_2.fq.gz -S 216Slender.sam

所以我想要做的是，对于文件的每一行，使用第一个和第二个字段来构成上面代码的最后部分，使用文件的第三个和第四个字段作为代码的中间部分。

awk '{print $1$2".sam"}' fqfiles
awk '{print -1, $3, -2, $4}' fqfiles

我可以像这样得到这些部分，但我只是很难让它成为一个循环，它将接受第一行，获取第一行的字段，将其放入代码中，运行它，然后重新开始下一行，等等。

有没有人能帮我写这个循环，或者建议我该怎么做？

Answer 1

使用read逐行读取文件：

while read -r n s f1 f2 ; do
    bowtie2 -x Trypanosoma_brucei_brucei -1 "$f1" -2 "$f2" -S "$n$s"
done < file