运行bowtie2时breseq中的错误

Question

我最近尝试使用breseq来分析一些细菌测序数据。然而，当breseq使用bowtie2将原始数据与参考基因组对齐时，我遇到了一个致命的错误。

下面是我得到的错误的关键部分：

+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

运行bowtie2 (samtools，转换FASTQ)之前的所有步骤都正常工作。根据误差，这是由于分数-min函数，其中0作为最小得分(--score-min L,0,0.9)。当我将函数更改为bowtie2 (0被0替换为0.1)时，用于--score-min L,0.1,0.9的命令单独工作。但是看起来这个部分是用breseq本身编码的(不是吗？)

关于我的问题的更多细节：

• 运行breseq的命令是：breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
• 原始数据类型: MiSeq (150x2)
• bowtie2版本: 2.3.0
• breseq版本: 0.29.0
• 操作系统:Linux16.04LTS
• 这些测试也有类似的错误。

这是个窃听器还是我用错了？如有任何意见或建议，我将不胜感激。

Answer 1

是这样的。此错误是由新的bowtie2版本(2.3.0)中的更改导致的，它不允许breseq使用的选项来调用它。

下一个版本的breseq将更新其选项，使其与新的bowtie2兼容。我应该在一两周内把这个放出来。如果您想要从中构建并使用BowTi2.3.0，那么这段代码已经签入了GitHub存储库。或者，您可以暂时将bowtie2的2.2.9版本与当前版本的breseq一起使用。