来自bioconductor/R的Bowtie包-错误:包‘Rbowtie’编译失败

Question

我正在尝试安装bioconductor的"Rbowtie“包。我在最新版本的R (3.1.0)的ubuntu 12.4 LTS上以根模式运行R。

编辑：here is the package container

下面是我所做的(这适用于所有其他包)：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rbowtie")

下面是我得到的完整错误消息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.2), R version
3.1.0.
Installing package(s) 'Rbowtie'
essai de l'URL 'http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/Rbowtie_1.4.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 880659 bytes (860 Kb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 860 Kb

* installing *source* package ‘Rbowtie’ ...
** libs
** arch - 
g++ -O3 -m32 -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m32  -Wl,--hash-style=both -DPOPCNT_CAPABILITY -       g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-  security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g   -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  \""  -Wl,--hash-style=both -DPOPCNT_CAPABILITY -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g   -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g    \
    -fno-strict-aliasing -DBOWTIE_VERSION="\"`cat VERSION`\"" -  DBUILD_HOST="\"`hostname`\"" -DBUILD_TIME="\"`date`\"" -DCOMPILER_VERSION="\"`g++ -v 2>&1 | tail -1`\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE  -DPREFETCH_LOCALITY=2 -DBOWTIE_MM -DBOWTIE_SHARED_MEM -DNDEBUG -Wall \
    -I SeqAn-1.1 -I third_party \
    -o bowtie-build ebwt_build.cpp \
    ccnt_lut.cpp ref_read.cpp alphabet.cpp shmem.cpp edit.cpp ebwt.cpp tinythread.cpp  bowtie_build_main.cpp \
    -lpthread 
ebwt.h: Assembler messages:
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
make: *** [bowtie-build] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rbowtie’
* removing ‘/home/retureau/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/Rbowtie’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp1qDuN3/downloaded_packages’
Message d'avis :
In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
installation of package ‘Rbowtie’ had non-zero exit status

谢谢。

Answer 1

我在这里添加了我们在Bioconductor邮件列表上讨论的最后一条消息和解决方案，这样在这个页面上结束的人就会知道它。

我已经更新了Rbowtie，包括由bowtie开发人员修复的问题，这应该允许它在其他平台上编译。

更新到Rbowtie版本1.4.5 (发布)或1.5.5 (开发)应该可以解决这个问题。

祝你好运，迈克尔