conda创建NGS环境，sra-tools fastqc multiqc samtools bowtie2 hisat2子读

Question

我不能轻易地创建一个包含我想要的NGS工具的conda环境。我重新安装了conda以重新开始，因为我在基env中有很多python包。我还利用这个机会安装了完整的anaconda3，而不是以前的迷你版，我有足够的空间。

虽然所有的包都可以通过生物can获得，但我唯一能添加到我的env的是fastqc和multiqc。在此之前，我可以用miniconda3在基本env中安装sra-tools和fastqc。

Config: MacOS Monterey 12.1 M1芯片。从我的旧macbook与最新的时间机器bkp。我用anaconda的清理过程卸载了miniconda，在那之后，我还删除了我最初安装的应用程序文件夹中的python 3.9.5，这是在我认识conda之前就开始学习的。

如果可能有帮助，还需要提到：anaconda 3-2022.05-MacOSX-arm64.pkg没有安装anaconda导航器(sha256完整性检查是可以的)，在运行sha256时，我在anaconda网站上遇到一个错误：

```(ModuleNotFoundError: No module named 'PyQt5.QtWebEngineWidgets')```

Does somebody know where this unability to find the packages comes?

Thank you for your help! best, Daniel

**Env creation command and console output:**

```javascript

(基地) mymac:~ D____$ conda创建-名称ngstools fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2 hisat2亚读-c conda-forge -c bioconda -c bioconda/label/-c 201901

终端输出：

收集包元数据(current_repodata.json)：已完成

解决环境: current_repodata.json的repodata失败，下一个repodata源将重试。

收集包元数据(repodata.json)：完成解决环境:失败

PackagesNotFoundError:以下软件包无法从当前频道获得：

• hisat2
• 亚读
• bowtie2
• samtools
• sra-工具

现有渠道：

• https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64
• https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
• https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-arm64
• https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
• https://conda.anaconda.org/bioconda/label/cf201901/osx-arm64
• https://conda.anaconda.org/bioconda/label/cf201901/noarch
• https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-arm64
• https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
• https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-arm64
• https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

要搜索可能提供您正在寻找的conda包的备用通道，请导航到https://anaconda.org并使用页面顶部的搜索栏。

Answer 1

开场白

目前，我不建议使用M1机器的生物信息学用户使用这种配置。目前还没有支持osx-arm64在生物There。我希望通过从基础中获得仿真的所有内容(OSX-64)，人们会发现最小的配置问题。或者您可以继续使用osx-arm64基础(就像现在一样)，但是可以使用设置创建新的环境。下面的答案显示了朝这个方向前进的步骤。

此外，我非常避免Anaconda/Miniconda。曼巴福尔基地是我推荐给所有生物信息专家的。和在全球范围内建立生物康达渠道。

最后，只有高级用户才应该使用通道标签(例如，bioconda/label/cf201901)。我意识到它们自动出现在Anaconda上，但它们只适用于大多数用户永远不会遇到的特殊情况。

立即解决办法

如果希望保留osx-arm64基础，则需要为NGS工具创建osx-64环境。我建议采用以下议定书作为最佳做法：

## create empty environment
conda create -n ngstools

## activate environment
conda activate ngstools

## configure architecture
conda config --env --set subdir osx-64

## configure channels for Bioconda
conda config --env --add channels defaults
conda config --env --add channels bioconda
conda config --env --add channels conda-forge

## install packages
conda install fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2 hisat2 subread

这是复杂的，在osx-arm64获得完全支持之前，您必须对每个需要仿真和生物until的环境都这样做。因此，为什么我建议您重新安装一个osx-64基础(Mambaforge)，这样就可以了。