Bowtie2的目录参数

Question

我使用的是领结2软件，它对基因组序列进行比对。我的所有索引都在一个目录miniReference1中。

当我用Bowtie2选项调用-x <dir>时，我得到的错误是，我的索引不是Bowtie 2索引。我做错了什么？下面是截图：

Answer 1

-x参数采用索引基名的路径。这意味着，如果名为miniReference1.{suffix}的索引位于一个也称为miniReference1的文件夹中，那么它必须是-x path/to/miniReference1/miniReference1。没有必要使用此变量，只需使用普通路径即可。

Answer 2

对于由bowtie 2.5.0构建的索引文件，我也遇到了一个类似的问题。即使文件在那里，错误消息也会显示readU: No such file or directory。

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我使用bowtie 2.5.0重建了索引，并解决了这个问题。因此，我建议使用与对齐器相同的版本重新构建索引，然后再运行它。

Answer 3

我引用手册的相关部分

、-x、、C、B、B、C、C、basename是任何索引文件的名称，到但不包括最终的.1.bt2 / .rev.1.bt2 /等等。bowtie2首先在当前目录中查找指定的索引，然后在BOWTIE2_INDEXES环境变量中指定的目录中查找指定的索引。由我强调。

在阅读完这篇文章之后，我假设所缺少的是通过设置环境变量BOWTIE2_INDEXES来告诉BOWTIE2_INDEXES它应该查找的目录。在bash中，您可以通过发出命令来做到这一点。

export BOWTIE2_INDEXES=miniReference1

如果这无助于提供绝对路径。我不清楚Bowtie2是否需要Posix路径名，比如/c/Users/raghdad/Documents/project-x/sequences/miniReference1，还是Windows名称，比如C:\Users\...。(终端中的pwd为当前目录提供Posix名称)。

-x文件基名称参数miniReference1是正确的，但没有命名一个目录；相反，它告诉BowTie2要使用的索引集，它由文件的公共“基本名称”(直到第一个点的部分)标识。这种方案的原因可能是，您可能在同一个目录中有不同的索引集，并且每个集合都有一个不同的唯一的基名。当然，将每一组放在自己的目录中的方法看起来要干净得多，除非有理由一次评估几个索引集。