使用bowtie2为循环(for循环)应用文件限制

Question

你好，我只想对一组文件应用一个循环，但不是对我的所有文件执行循环，而是只对目录中的某些文件执行循环。

下面是我使用的命令，是基于bowtie2的基因组序列比对：

 for i in *1.fastq.gz
    do 
    base=$(basename $i "_1.fastq.gz")
    bowtie2 -p 8 -x /mnt/path/contigs -1 ${base}_1.fastq.gz -2 ${base}_2.fastq.gz | samtools view -b -o ${base}.bam -
    done

因此，使用这个命令，bowtie2与我的所有文件对齐，但是考虑到在这个文件夹中有一些文件的bowtie2分析已经完成，我不希望bowtie2再次对这些文件进行分析，所以，我可以在这个循环中添加任何子命令来避免对某些文件进行分析吗？

Answer 1

创建2个文件，每个文件每行有一个basename：(1)输入，此处读取1个fastq基本文件名，(2)现有输出，此处读取基本文件名。对文件进行排序，并使用comm -23 file1 file2 > file3只选择尚未映射的基名。然后循环这些，保存在file3中。

快速和脏的解决方案(假设文件名没有空格)：

ls -1 *_1.fastq.gz | perl -pe 's/_1.fastq.gz//' | sort > in.basenames.txt
ls -1 *.bam | perl -pe 's/.bam//' | sort > out.basenames.txt
comm -23 in.basenames.txt out.basenames.txt > todo.in.basenames.txt

while read -r base_name ; do
    bowtie2 -1 ${base_name}_1.fastq.gz -2 ${base_name}_2.fastq.gz ...
done < todo.in.basenames.txt