Bowtie背后的算法或需求？

Question

BOWTIE将测试读数映射到参考基因组。

基本上这是一个字符串比较。

参照串可以是由A、C、T和G的组合构成的一百万个碱基对，

那么，将测试称为匹配、突变、SPM不匹配、雪茄等的标准是什么？

我从一个角度思考，如果我必须用我喜欢的语言写我的领结，那么我需要遵循的测试阅读，参考基因组比较规则。

Answer 1

领结有两种主要的对齐模式：-v模式和-n模式。-v模式不关心质量分数，而-n关心播种区域。Bowtie要求您指定允许的最大不匹配数量以及每次读取可以映射到的最大位置数。Bowtie2考虑了差距。顺便说一句，读数不仅包含ACGT，还包含N。