将变量从python传递给bowtie

Question

我想从python传递一个存储在变量inp_a中的输入fasta文件到bowtie，并将输出写到另一个out_a中。我想使用os.system ('bowtie inp_a out_a')，你能帮我吗

Answer 1

据我所知，您的问题要求两件事:将数据写入磁盘，以及从Python内部调用外部程序。如果没有更详细的需求，下面是我要写的内容：

import subprocess

data_for_bowtie = "some genome data, lol"

with open("input.fasta", "wb") as input_file:
    input_file.write(data_for_bowtie)

subprocess.call(["bowtie", "input.fasta", "output.something"])

这里有一些我假设的细节。我假设你指的是bowtie，读对齐器。我假设您的文件是一个二进制的、非人类可读的文件(这就是为什么在open的第二个参数中有那个b )，并且我对如何在命令行上调用bowtie做了一些毫无根据的假设，因为我没有足够的动力花时间学习它。

希望这能提供一个起点。祝好运!