Bowtie和Sam格式对齐文件的转换

Question

我需要我的两种对齐文件都是bowtie和samtools格式，这样我就可以将它们输入到管道中的不同程序中。是否有任何方法可以将sam对齐文件转换为bowtie对齐文件，反之亦然？

另一种方法是对齐两次，并让bowtie程序在每种情况下以不同的格式输出它。然而，这浪费了太多的时间。

Answer 1

我不知道具体的方法，但是我会从bowtie获得SAM，然后转换为bowtie格式，因为SAM拥有所有的信息。您可以使用简单的命令linux和awk来完成它。