即使路径正确，TopHat也找不到bowtie索引文件

Question

我在bash脚本中使用bowtie索引生成了bowtie索引文件，如下所示：

bowtie-build $FA_FILE $OUTPUT_BASE

(在这里可以找到脚本：index)

我希望我的集群中的每个节点将我的序列文件与染色体对齐，而不是与整个基因组对齐。因此，理论上，如果我对每个节点上的同一序列文件对每个染色体运行tophat实例，它应该比对整个基因组在一个节点上运行tophat更快。

我确保我的bowtie索引文件的位置被导出如下：

export BOWTIE_INDEXES="$(dirname ${EBWT})/"

然后像这样执行tophat：

tophat -p 4 -G $GTF -o $OBASE $Chr $FASTQ

$GTF包含到注释文件的路径，$Chr包含索引文件的文件名(不包括文件扩展名.ebwt)，$FASTQ包含到我的序列读取文件的路径。

(在这里可以找到脚本：tophat)

当我运行这个脚本时，我会发现一个错误，即bowtie索引不能被违反。节选如下：

[Sun Oct  5 15:08:48 2014] Beginning TopHat run (v1.1.2)
-----------------------------------------------
[Sun Oct  5 15:08:48 2014] Preparing output location /home/kennethphough/GSE58365/fast/chr11_gl000202_random.1/
[Sun Oct  5 15:08:48 2014] Checking for Bowtie index files
Error: Could not find Bowtie index files /home/kennethphough/genome/hg19/chr11_gl000202_random.1.*

上述错误的bowtie索引文件是chr11_gl000202_random.1.ebwt，我已经确认它在那里。任何关于哪里出了问题的线索都会受到极大的赞赏。

保龄球版为0.12.7顶帽版为1.1.2

Answer 1

问题是，一个bowtie索引有多个文件。因此，对于上面的示例，chr11_gl000202_random有：

chr11_gl000202_random.1.ebwt
chr11_gl000202_random.2.ebwt
chr11_gl000202_random.3.ebwt
chr11_gl000202_random.rev.1.ebwt
chr11_gl000202_random.rev.1.ebwt

因此，我不需要传递没有扩展名的文件名，而是需要获得染色体序列名称，如下所示：

Chr=`echo "$FNAME" | awk -F. '{print $1}'`

我在github上更新了我的脚本，以反映这些更改。