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我有一个包含3064行和27列的矩阵，其中包含-0.5和2.0之间的值。我希望提取至少有一次值为>=0.5的每一行。作为回答，我想要整行在它的原矩阵形式。m[m[1:190,1:16]>0.5,1:16]是否可以编写任何可用于整个矩阵的函数？
浏览 2修改于2015-03-13得票数 0
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我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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我试图在R中绘制基因表达剖面图，我输入的数据是一个数据框架，其中第1列有基因名，下一栏2:18是多种癌症类型。这是一小部分数据。
浏览 2提问于2020-08-05得票数 2
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我有77位癌症患者的基因表达数据。我有一套来自病人的血液，一套来自病人的肿瘤，一套来自病人的健康组织。- ExpressionBlooddata3 <- ExpressionHealtyTissue
我想做一个硒的分析，如果肿瘤组织中的表达与我所有基因在血液中的表达相关
浏览 2修改于2016-01-29得票数 4
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我的问题是如何制作散点图来显示过度表达和表达不足的基因的颜色。目前散点图仅显示黑色。我想在图中用红色表示过度表达的基因和蓝色表示不足的基因。我附上了散点图的快照和。我需要代码方面的帮助。
浏览 2修改于2017-03-24得票数 1
我有两个数据集:一个是实际计数，另一个是预测计数。我想在它们之间做一个皮尔逊关联。我的实际计数数据如下：
我想对每个geneID的这两个数据集进行pearson相关。install.packages("Rcpp")library("reshape2")act_cts <-
浏览 3修改于2022-03-24得票数 0
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我尝试使用Limma软件包来寻找几个启动子(带有重复)的差异表达基因，但我总是得到一个错误，因为我对r来说是新的，无法完全理解它。
浏览 3修改于2017-10-27得票数 0
我有m x n个基因表达数据矩阵，我希望将它们存储在MySQL中，以便可以使用PHP语言进行搜索。M大约是100000个样本(唯一可识别)我创建了三个表，如下所示 `gene_id` INT NOT NULL如何在gene_sample表中存储样本和基因对应的表达式值？
浏览 2修改于2019-08-23得票数 0
我(一个新手，R)分析了两个处理对基因表达的影响的随机研究。在基线和1年后，我们评估了5个不同的基因。基因折叠计算为1年时的值除以基线值。示例基因: IL10_BL IL10_1Y IL10_fold
基因表达是作为一个连续变量来测量的，通常在0.1到5.0之间。100名患者被随机分为他汀类药物或饮食疗法。我想做的是：-Y轴应该以95%的置信限显示基因的平均表达-X轴应该是绝对的，以基线、1年和折叠值为5个基因，按治
浏览 0修改于2014-08-11得票数 3
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我有一组来自3个不同亚型的乳腺癌样本的1500个基因的基因表达值及其临床参数。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类，以找到每个乳腺癌亚型的独特基因。
浏览 15提问于2020-10-26得票数 0
我的问题是：b)某些基因(testing set)属于某一类，其特征是基因表达在这些时间点上的分布。c)我还有一个这类已知基因的数据集(training set)。
d)另外，我想通过随机重组我的测试集来生成一个false数据集，并将其包含在我的支持向量机模型中。
浏览 2修改于2013-05-24得票数 0
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这个值代表120个基因的基因表达。在我的网络中，它们代表了TGFB1相互作用的基因。我正试着用照片库来规划我的网络。我想对我的节点颜色产生两种影响:第一种是:根据代表我属性的值范围，根据绿色的基因表达值(绿色是负值，红色是正的)对我的节点进行着色。然后，我想让红绿节点在-0.10100到0.04720之间变得透明。PDGFRB”"COL3A1“"COL5A1”"LOXL1“公司名称(v/c)，GEX (v/c)，颜色(v/c)
浏览 2修改于2020-06-20得票数 0
我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？另外，用欧几里德距离作为度量，用大约11,000个基因的矩阵来做这件事，在计算上可行吗？
编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Python中链接的图像。
浏览 0修改于2010-06-06得票数 3
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我有两个数据文件:一个包含基因表达数据，另一个包含基因组注释数据。我必须比较一个文件的第1列和第2列中的值，如果1>2，则输出该行以及在注释数据文件的同一行中找到的refseq id。($columns[2] > $columns[1]) { }}
我想在每次发生这种情况时打印这一行，但我还想打印在另一个数据文件中找到的基因
浏览 1修改于2013-02-08得票数 0
我是ggplot2的新手，我很难用两个因素来为每个基因做一个作图。2 rag_wt AGE 54不幸的是，我失去了所有的基因
浏览 1修改于2015-08-19得票数 0
它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。o 1214 a 4 14.413 a 2 13 2每一个样本有一
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
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我正在研究基因表达数据聚类技术，我已经从网络上下载了35个数据集，我们有35个数据集，每个数据集代表一种癌症。每个数据集都有自己的功能。
浏览 1提问于2018-07-27得票数 0
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我正在搜索一种特征选择算法，该算法选择以下特征：所有样本的差异都很大
这应该应用于基因表达数据集，在该数据集中，每个样本都有一个组标签，因此应该可以为每个组选择一组要检查的特征
浏览 0提问于2016-06-28得票数 1
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我有一个包含各种基因的基因表达数据的数据集，跨越24个不同的样本。在我目前的数据框架中，每行都是一个基因，每列都是一个样本。我想创建一个点图，其中每个点都是一个基因，y轴表示该基因在样本A中的表达，x轴表示该基因在样本B中的表达。
我试着寻找这个，但不知道这样的情节叫什么，也不知道如何才能找到它。
浏览 12提问于2018-01-15得票数 0
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