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我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7 Sample8 假设样本集包含不到5
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
我有一个包含各种基因的基因表达数据的数据集，跨越24个不同的样本。在我目前的数据框架中，每行都是一个基因，每列都是一个样本。我想创建一个点图，其中每个点都是一个基因，y轴表示该基因在样本A中的表达，x轴表示该基因在样本B中的表达。sample_A<-c(2,3,1)
浏览 12提问于2018-01-15得票数 0
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我有一个表达矩阵，也就是一个包含一些基因在不同人类样本中表达水平的矩阵，还有一些样本是重复的，所以我需要将这些重复中的表达组合起来，并计算出中位数。我将样本的名称作为行，在每一列中我有一个基因的表达。- breast, donor2Adipocyte - omental, donor2Amn
浏览 0提问于2015-12-13得票数 0
我有一组来自3个不同亚型的乳腺癌样本的1500个基因的基因表达值及其临床参数。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类，以找到每个乳腺癌亚型的独特基因。
浏览 15提问于2020-10-26得票数 0
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我有一个数据框架，列1是基因，所有其他列都是该基因在不同条件下的基因表达数据。我想逐个基因，把所有的表达值除以该基因的中位表达值。我有一个名为s.med.df的数据框架中的中介。我试图指示R除以所有表达列(2:n)，但不是第一列除以每个基因的中值。但到目前为止，我的脚本如下：Con2 <- c(4382.59, 288
浏览 3修改于2016-03-29得票数 0
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我有一个包含患者数据/存活率和基因表达数据的数据帧，如下所示1 Patient_1 1 356 3455 ... 593933 Patient_3 0 1224 3636 ._1)的基因表达数据细分为四分位数，然后在生存分析中选择最低和最高的四分位数进行比较：
library(dplyr); library(survival)
浏览 5修改于2016-12-29得票数 0
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案例1对hBD-1和LL-27基因的表达无明显影响.expression\b)', r'\1 expression', str_a)输出字符串：输入字符串：自以来，痤疮患者和非痤疮患者的hBD-1和LL-
浏览 1修改于2021-06-02得票数 1
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它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。o 1214 a 4 14.413 a 2 13 2每一个样本有一
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
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我在R中有一个数据框架，由两列组成：“基因”和“表达”。对于某些基因，它有重复的行，但是这些重复的条目有不同的表达值。我想压缩重复的行，这样每一个基因只有一行，并且这一行具有最大的“绝对”表达式值。df <- data.frame(Gene=c("AKT","MYC","MYC","RAS","RAS","RAS","TP53"),
浏览 1修改于2015-03-13得票数 1
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我有一个包含基因表达水平信息的数据。如何制作条形图，其中X轴是基因名称，Y轴是表达水平？如果不将A基因和B基因合并到同一列并在单独的列中键入基因A和B，我就无法找到在ggplot2中标记A基因和B基因的方法。df <- data.frame(1:5,3:7)
浏览 3修改于2022-01-19得票数 0
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第一列只包括行名(基因列表)，第二列它们的表达值2)是一个基因簇文件，我有超过27,000个簇，每个簇由多个基因(从200到1)识别。我想计算每个基因簇的平均表达值。gene1 2.4gene3 0.1gene80000 2.1
cluster 1gene1 gene2 gene80 gene34500
cluster 2
浏览 2修改于2019-12-31得票数 1
我有一些基因表达数据如下：> d
3 Gene_3 -6.643856 5.766860 -6.127014 -6.726967
4 Gene_4 -2.736966，你可以看到，在某些基因中，表达总是阴性的，有些基因<
浏览 2修改于2015-10-01得票数 1
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我已经得到了一个数据(超过9000行)，它保存了每个细胞集群(列)特定基因(行)的平均基因表达，现在我需要将基因名(行名)更改为同义词。，正如所说的(旧的)--正方根基因名(新的)。看起来是这样的：[1] Vps37c VPS37C[3] Slc39a9 SLC39A9例如，Tppp2将是TPPP3，以此类推，结果如下：
rowna
浏览 3修改于2020-06-04得票数 0
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目前，我有来自TCGA的基因表达数据，并在这样的data.frame中加载了某些基因( tumor =肿瘤样本和N=正常组织样本)：Patient_T 2 1 5 6 Patient_N2 3 6 1
...该图表应描述所有的
浏览 0修改于2018-12-23得票数 0
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gene22 Both Deceased 0.0000000 11.3436426 9 None Censored 3.3001750 10.7255686 ggboxplot(df, x="Treatm
浏览 15修改于2019-08-21得票数 0
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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我有77位癌症患者的基因表达数据。我有一套来自病人的血液，一套来自病人的肿瘤，一套来自病人的健康组织。data1 <- ExpressionBlooddata3 <- ExpressionHealtyTissue
我想做一个硒的分析，如果肿瘤组织中的表达与我所有基因在血液中的表达相关
浏览 2修改于2016-01-29得票数 4
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我正在用R分析一些基因表达数据。我想要与eBayes做差异基因表达分析(limma是BioConductor的一部分)，但要做到这一点，我需要我的表达数据作为一个eset对象。为什么eBayes:，它应该有健壮的结果，即使在某些组中只有两个或三个样本，而且我确实有3个组，大小在2到3个样本之间。
详细说明我所拥有和想做的事情：，我有表达式数据，已经作为对数，归一化的肥胖值。数据在表达式矩阵中。大约有2万行，每一行都是一个基因<
浏览 0提问于2014-08-30得票数 3
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