基因表达散点图微阵列数据

Question

我的问题是如何制作散点图来显示过度表达和表达不足的基因的颜色。目前散点图仅显示黑色。我想在图中用红色表示过度表达的基因和蓝色表示不足的基因。我附上了散点图的快照和。我需要代码方面的帮助。这段代码生成的散点图只显示黑色的所有内容。

显示一组与另一组的散点图

dataA <- rowMeans(filtered_condensed$E[,7:9])
dataB <- rowMeans(filtered_condensed$E[,10:12])

par(family="mono")

meanX = dataA
meanY= dataB


plot(meanX, meanY, main = "Expression in OPCs vs oligodendrocyte ",
    xlab="OPCs log2 expression: group1", ylab="oligodendrocyte log2 expression: group2", cex=0.5, cex.lab= 0.9, title(cex.main=2, font.main=7))
abline(-1, 1, col='purple', lty="dashed")
abline(1, 1, col="purple", lty="dashed")

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Answer 1

我将在这里添加一些样本数据进行测试：

set.seed(23)
meanX <- runif(1000)
meanY <- meanX + rnorm(1000)

因为你在不同的截距有1的斜率，你可以很容易地通过查看X和Y值之间的差异来计算哪些是线上的，哪些是线下的。然后我只需在极值的顶部绘制彩色点

plot(meanX, meanY, main = "Expression in OPCs vs oligodendrocyte ",
    xlab="OPCs log2 expression: group1", 
    ylab="oligodendrocyte log2 expression: group2", 
    cex=0.5, cex.lab= 0.9, title(cex.main=2, font.main=7))
abline(-1, 1, col='purple', lty="dashed")
abline(1, 1, col="purple", lty="dashed")
above <- meanY-meanX > 1
points(meanX[above], meanY[above], col="red", cex=0.5)
below <- meanY-meanX < -1
points(meanX[below], meanY[below], col="blue", cex=0.5)

这将生成以下图

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