绘制样本与样本在R中的基因表达水平

Question

我有一个包含各种基因的基因表达数据的数据集，跨越24个不同的样本。在我目前的数据框架中，每行都是一个基因，每列都是一个样本。

我想创建一个点图，其中每个点都是一个基因，y轴表示该基因在样本A中的表达，x轴表示该基因在样本B中的表达。

我试着寻找这个，但不知道这样的情节叫什么，也不知道如何才能找到它。我的大多数其他绘图都是用ggplot2绘制的，但是使用什么包来解决这个问题并不重要。

示例数据：

sample_A<-c(2,3,1)
sample_B<-c(-1,4,-3)
genes <- c("gene1","gene2","gene3")
df<-data.frame(sample_A,sample_B,row.names = genes)

数据帧：

      sample_A sample_B
gene1        2       -1
gene2        3        4
gene3        1       -3

Answer 1

带ggplot2的geom_point可能就是你要找的。这些点也可以使用geom_label进行标记。

require(ggplot2)
p <- ggplot(df, aes(x = sample_B, y = sample_A))+
  geom_point()+
  geom_label(aes(label = rownames(df)))