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我在excel中工作，有许多带有基因和相应表达值的文件。不同的文件(不同的样本)包含不同顺序的不同数量的基因。如何排列数据，使每个样本中的表达值与正确的基因对齐。Gene B - 7 Gene C - 2.Gene A - 9
Gene A - 10, 9Gene C - 2, N/A
Gene D - N/A, 4 我
浏览 61修改于2021-02-10得票数 0
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Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7 Sample8 假设样本集包含不到5
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。o 1214 a 4 14.413 a 2 13 2每一个样本有一
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
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我有一些基因表达数据如下：> d
当你从左向右阅读基因数据时，你可以看到，在某些基因中，表达总是阴性的，有些基因的表达总是阳性的，而有些基因的<
浏览 2修改于2015-10-01得票数 1
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我有一个包含基因表达水平信息的数据。如何制作条形图，其中X轴是基因名称，Y轴是表达水平？如果不将A基因和B基因合并到同一列并在单独的列中键入基因A和B，我就无法找到在ggplot2中标记A基因和B基因的方法。df <- data.frame(1:5,3:7)
浏览 3修改于2022-01-19得票数 0
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23.7185255 6 Chemo Censored 0.8250437 0.8250437 9 None Censored 3.3001750 10.7255686 ggboxplot(df, x=&quo
浏览 15修改于2019-08-21得票数 0
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我的问题是如何制作散点图来显示过度表达和表达不足的基因的颜色。目前散点图仅显示黑色。我想在图中用红色表示过度表达的基因和蓝色表示不足的基因。我附上了散点图的快照和。我需要代码方面的帮助。显示一组与另一组的散点图dataB <- rowMeans(filtered_condensed$E[,10ylab="oligodendrocyte log2 expre
浏览 2修改于2017-03-24得票数 1
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= runif(5, -1, 1), "TCGA-Y7-，我把病人分成“高表达”和“低表达”两类。例如，出现在low[[3]]中的患者是那些第三种基因("TUR")的表达低于该基因平均水平的患者。下面，我有一个转换表patientID -到生存时间，以天为单位。TCGA-K4-6303-01&q
浏览 1修改于2015-03-03得票数 0
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DF有数千行，因为每个样本都有许多基因名称。我正在尝试使用一组10个管家基因来执行一个QC步骤，其中我删除了所有“样本I”，对于这些“样本I”，只有不到9/10的管家基因的表达高于一个截止值。基本上，我希望获取DF$hugo_name中与10个基因列表匹配的所有基因，并对每个基因名称检查其表达值，以确保它高于我的截止值列表。我的数据框中有10个持家基因和较低的截止值：
EHK_list <- c("C
浏览 37提问于2018-06-02得票数 0
我在R中有一个数据框架，由两列组成：“基因”和“表达”。对于某些基因，它有重复的行，但是这些重复的条目有不同的表达值。我想压缩重复的行，这样每一个基因只有一行，并且这一行具有最大的“绝对”表达式值。33 MYC 65 RAS -47
浏览 1修改于2015-03-13得票数 1
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我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
大家好，我是R/ ggplot2的新手，我想请教一下如何创建一个像这样的图：说明:一个不同的条形图显示了生物学功能，表达增强的基因(黄色)指向右侧，表达降低的基因(紫色)指向左侧。条形的长度代表差异表达基因的数量，颜色强度根据它们的p值而变化。
请注意，x轴在两个方向上都必须是“正”的。(在已发表的关于基因表达实验研究的文献中，向左的条表示表达减少的基因，向右的条表示表达增加的
浏览 0修改于2018-03-22得票数 0
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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我正在用一种方法来找到甲基化调控的基因。该方法首先计算样品中每个基因甲基化与表达数据之间的相关系数。我应用这个第一个过滤器，我得到了418个基因的子集，其相关系数为显著(小于-0,3)。下一步是找出甲基化和每个基因表达的b样条三次回归系数。我的数据包含在一个包含两个矩阵的列表中，如下所示： AAAS ABCA7 ABCC12 ABCF1ACN9
paciente6
浏览 1提问于2015-06-24得票数 1
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我有一个以teb分隔的文件，其中一列包含基因名称，另一列包含这些基因的表达值。我想使用grep从这个文件中删除某些基因。所以，这是："42262" "SNHG8" "25.3981""42264" &
浏览 1修改于2011-09-22得票数 0
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我正在处理一个大的数据集，对某个基因进行多个观察，在不同的日期和不同的表达水平上。我想把所有的“表达式”列值之和到
我试着做了一个for循环，但是我对R相对来说
浏览 1提问于2022-05-12得票数 0
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它代表了生物样品中基因表达的测量。问题是，有时测量直接在基因上(“探针”然后为空)，有时测量是通过基因的“探针”进行的(“基因”仍然是设置的)。一个基因可以有多个探针。没有其他表格包含基因-探针关系。"probe" INTEGER REFERENCES "probes" ON DELETE CASCADE,);
常见的查询包括获取给定样本中所有基因</e
浏览 2修改于2020-05-10得票数 0
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我正在使用R中的dplyr包过滤我的基因表达数据。我已经计算了折叠变化，并希望筛选至少一个样本(列)值大于+0.584963或小于-0.584963的基因(行)。0.5560 0.0340 0.4450GENE_7，而不返回负的基因。在这个例子中，我想要的是一个包含基因1、2、5和7的子设置列表，但是它只给了我<em
浏览 0修改于2019-03-01得票数 2
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