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Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7 Sample8 假设样本集包含不到5
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。o 1214 a 4 14.413 a 2 13 2每一个样本有一
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
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我(一个新手，R)分析了两个处理对基因表达的影响的随机研究。在基线和1年后，我们评估了5个不同的基因。基因折叠计算为1年时的值除以基线值。示例基因: IL10_BL IL10_1Y IL10_fold
基因表达是作为一个连续变量来测量的，通常在0.1到5.0之间。100名患者被随机分为他汀类药物或饮食疗法。我想做的是：-Y轴应该以95%的置信限显示基因的平均表达-X轴应该是绝对的，以基线、1年和折叠值为5个基因，按治
浏览 0修改于2014-08-11得票数 3
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我在R中有一个数据框架，由两列组成：“基因”和“表达”。对于某些基因，它有重复的行，但是这些重复的条目有不同的表达值。我想压缩重复的行，这样每一个基因只有一行，并且这一行具有最大的“绝对”表达式值。<- data.frame(Gene=c("AKT","MYC","MYC","RAS","RAS","RAS","TP53"),
浏览 1修改于2015-03-13得票数 1
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我需要比较细菌基因表达丰度的对照和疾病样本。我有一个由R.读取的大数据集，它包含58,000行不同的基因，以及6列。前三栏表示控制中的数值，其余三列来自疾病患者。pvalues <- apply(finalgen
浏览 1修改于2019-11-01得票数 0
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目前，我有来自TCGA的基因表达数据，并在这样的data.frame中加载了某些基因( tumor =肿瘤样本和N=正常组织样本)：Patient_T 2 1 5 6 Patient_N2 3 6 1
...该图表应描述所有的基因</e
浏览 0修改于2018-12-23得票数 0
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我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？另外，用欧几里德距离作为度量，用大约11,000个基因的矩阵来做这件事，在计算上可行吗？
编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Pyth
浏览 0修改于2010-06-06得票数 3
我有一些基因表达数据如下：> d
7 Gene_7 11.000232 11.353974 10.792245 10.309476
当你从左向右阅读基因数据时，你可以看到，在某些基因中，表达总是阴
浏览 2修改于2015-10-01得票数 1
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35.0621681 5 Chemo Deceased 0.8049256 17.7083638 9 None Censored 3.3001750 10.7255686 ggboxplot(df, x=&quo
浏览 15修改于2019-08-21得票数 0
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= runif(5, -1, 1), "TCGA-A6-，我把病人分成“高表达”和“低表达”两类。例如，出现在low[[3]]中的患者是那些第三种基因("TUR")的表达低于该基因平均水平的患者。下面，我有一个转换表patientID -到生存时间，以天为单位。TCGA-DM-A28E-01&q
浏览 1修改于2015-03-03得票数 0
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在基因表达式编程中使用Karva符号来表示数学表达式。通过读取关闭的基因并从左到右、从上到下填充节点，创建一个表达式树。例如，使用"+*+1+2*3456“中的运算符( +，*)和终端(1,2,3,4,5,6)将计算为39。
我如何在haskell中使用attoparsec (或parsec)完成此操作？
浏览 5提问于2012-08-08得票数 3
我请求帮助比较不同时间点实验中的基因表达值，使用Excel或VBA进行比较，然后生成报告表。每个工作表(时间点)包含两列:基因ID和值，并且每个工作表中的基因ID可能不相同(时间点: 1H、4H和8H.等等)。因此，最终的表(表4)将包括来自每个表的所有基因ID到列1中，sheet1(value1)、sheet2(value2)和sheet3(value3)的表达值将在sheet4的column2、column3我使用excel的“vlookup”可以在比较/查找ID后将<em
浏览 0修改于2012-05-18得票数 0
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在正常状态下，我们有许多组生物复制的基因表达数据：gene replicate 1 replicate2 gene1-0.835920 -0.707572 gene5 -0.702721 -0.724579 gene6-0.815476 -0.737112 .... gene 20000
在给它们喂药之后，我们有了一个新的基因
浏览 2提问于2017-05-15得票数 1
我的问题是：b)某些基因(testing set)属于某一类，其特征是基因表达在这些时间点上的分布。c)我还有一个这类已知基因的数据集(training set)。
d)另外，我想通过随机重组我的测试集来生成一个false数据集，并将其包含在我的支持向量机模型中。
浏览 2修改于2013-05-24得票数 0
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我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
3回答
基本上我有两个数据框对象，一个是基因及其在不同患者中表达水平的主列表，另一个只有一列大小。然后，一个只有一列的列表是属于特定基因子类别的基因列表，所有这些基因都在主列表中。我正在尝试创建一个数据框架，其中我有我的特定基因子集及其在主列表中包含的不同患者的表达。我尝试使用merge()函数，但只创建了一个空的dataframe。我认为这段代码应该在我的主列表中找到特定列表中的所有基因，然后只获取这些基因并添加用于患者表达</em
浏览 24提问于2020-07-13得票数 0
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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这个值代表120个基因的基因表达。在我的网络中，它们代表了TGFB1相互作用的基因。我正试着用照片库来规划我的网络。我想对我的节点颜色产生两种影响:第一种是:根据代表我属性的值范围，根据绿色的基因表达值(绿色是负值，红色是正的)对我的节点进行着色。然后，我想让红绿节点在-0.10100到0.04720之间变得透明。tmp1= read.delim("mynet.txt"，header= T) g <- graph.data.frame(tmp1，directed
浏览 2修改于2020-06-20得票数 0
我正在制作一个代表基因表达的热图。Y轴是正在表达的基因，x轴上是病人.出于某种原因，ggplot自动地对我的y轴进行了排序，使基因按字母顺序排列。我的问题是:我有没有办法让这些基因与数据框架中的基因保持相同的顺序？ scale_fill_manual(breaks = levels(data2$group),
values = c('#f
浏览 11修改于2022-07-27得票数 -1
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