在MySQL中存储基因表达数据

Question

我有m x n个基因表达数据矩阵，我希望将它们存储在MySQL中，以便可以使用PHP语言进行搜索。

M大约是100000个样本(唯一可识别)

N大约是23,300个基因(唯一可识别)

我创建了三个表，如下所示

CREATE TABLE genes (
    `gene_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    `gene_name` varchar(99) not null
) ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE samples (
    `sample_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    `sample_name` varchar(99) not null
) ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE gene_sample (
    `gene_id` INT NOT NULL,
    `sample_id` INT NOT NULL,
    `Expression_value` INT ,
    FOREIGN KEY(`gene_id`) REFERENCES genes (`gene_id`),
    FOREIGN KEY(`sample_id`) REFERENCES sample (`sample_id`),
) ENGINE=InnoDB;

问题是如何从mXn矩阵插入第三个表(Gene_sample)中的值？

如何在gene_sample表中存储样本和基因对应的表达式值？

Answer 1

假设已经填充了genes和samples表，并且您希望使用所有可能的组合来填充gene_sample连接表，则可以尝试使用带有交叉联接的insert：

INSERT INTO gene_sample (gene_id, sample_id)
SELECT g.gene_id, s.sample_id
FROM genes g
CROSS JOIN samples s;

当然，这不会为Expression_value列分配任何值。但理想情况下，该列甚至不属于连接表。