回答情况：
提问时间：
问题标签：
1回答
我在excel中工作，有许多带有基因和相应表达值的文件。不同的文件(不同的样本)包含不同顺序的不同数量的基因。如何排列数据，使每个样本中的表达值与正确的基因对齐。For example:Gene A - 10. Gene B - 7 Gene A - 10, 9Gene C - 2, N&
浏览 61修改于2021-02-10得票数 0
回答已采纳
我(一个新手，R)分析了两个处理对基因表达的影响的随机研究。在基线和1年后，我们评估了5个不同的基因。基因折叠计算为1年时的值除以基线值。示例基因: IL10_BL IL10_1Y IL10_fold
基因表达是作为一个连续变量来测量的，通常在0.1到5.0之间。100名患者被随机分为他汀类药物或饮食疗法。我想做的是：-Y轴应该以95%的置信限显示基因的平均表达-X轴应该是绝对的，
浏览 0修改于2014-08-11得票数 3
回答已采纳
它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。o 1214 a 4 14.414 a 4 14 4
每一个样本有一个额外的列，使基因</em
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
回答已采纳
实际上，有10个基因，每个样本有200个，因此有2000行3列：903.0 1 1786.0 1实际上，这个图有10个基因，因此矩阵是4 colX10行：684.2034 1 102.7142 7.191435第一张图显示了每个基因的平均
浏览 6修改于2012-11-21得票数 27
回答已采纳
我正在分析一个大型实验(12400个单细胞和23800个基因)的基因表达数据，我遇到了一个效率问题。我将在下面编写一个可重复的示例，但我的问题如下：
我将数据集中的鼠标基因转换为人类对应基因，以便与以前发布的其他数据进行比较。在某些情况下有多个匹配(一个人类基因被映射到多个老鼠基因)。在这种情况下，我想对这些多个基因的表达值进行平均值，并给出一个人类基因对应的表达值。我可以通过将表达</em
浏览 0提问于2018-11-10得票数 2
回答已采纳
例如，我有一个受体和配体的列表，我想证明A群体表达配体1，C群体表达受体1，所以这两个群体之间可能存在通过配体-受体1表达的相互作用。邻接矩阵应该显示矩阵中任意两个基因之间关系的强度。我有6个独特的细胞群体，可以表达我感兴趣的485个配体/受体中的任何一个，目标是通过配体和受体展示这些群体之间的相互作用。我发现了一个在RStudio中使用的工具，叫做BUS- gene.similarity:计算基因-基因相互作用的邻接矩阵。也许我只是错误地使用了总线，但它显示
浏览 4修改于2019-04-04得票数 0
我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cyto
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
第一列只包括行名(基因列表)，第二列它们的表达值2)是一个基因簇文件，我有超过27,000个簇，每个簇由多个基因(从200到1)识别。我想计算每个基因簇的平均表达值。cluster 2 gene3 gene4....
cluster 27992 gene5 gene10
浏览 2修改于2019-12-31得票数 1
我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
DF有数千行，因为每个样本都有许多基因名称。我正在尝试使用一组10个管家基因来执行一个QC步骤，其中我删除了所有“样本I”，对于这些“样本I”，只有不到9/10的管家基因的表达高于一个截止值。基本上，我希望获取DF$hugo_name中与10个基因列表匹配的所有基因，并对每个基因名称检查其表达值，以确保它高于我的截止值列表。我的数据框中有10个持家基因和
浏览 37提问于2018-06-02得票数 0
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
回答已采纳
我从基因表达值"b“的矩阵开始，其中列代表10个观察，行代表1000个基因的表达水平。b = matrix(rexp(1000),ncol=10)for (i in 1:10) { lines( d[[i]
浏览 5修改于2017-05-23得票数 0
回答已采纳
1回答
我有两个数据格式如下： X <- data.frame(matrix(rnorm(2000), nrow=10))
其中行代表基因，列代表基因型。对于每一轮的引导(n=1000)，应随机选择基因型而不替换此数据集(X)，并形成两组数据集(X'应有5种基因型，Y'应有5种基因型)。基本上，最后我将拥有1000个这样的数据集-- X'和Y'，它们将包含来自完整表达式数据集的5个随机基因型。
浏览 2修改于2013-09-20得票数 0
回答已采纳
下面是一些基因的表达数据表： expMERGED:PITG_23017_PITG_23018 0.00000000> exp_names
[1] "PI
浏览 4修改于2020-07-24得票数 2
回答已采纳
1回答
我的问题是如何制作散点图来显示过度表达和表达不足的基因的颜色。目前散点图仅显示黑色。我想在图中用红色表示过度表达的基因和蓝色表示不足的基因。我附上了散点图的快照和。我需要代码方面的帮助。显示一组与另一组的散点图dataB <- rowMeans(filtered_condensed$E[,10
浏览 2修改于2017-03-24得票数 1
我有一个含有基因名称和样本编号的矩阵。每一行都是一个逻辑向量，指示检测到基因的样本。基因必须至少出现在8个样本中的4个样本中才能做到这一点(仍在矩阵中)。编辑:这个问题源于尝试重新创建这个：
假设样本集包含不到50%的离
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
我正在处理一个大的数据集，对某个基因进行多个观察，在不同的日期和不同的表达水平上。我想把所有的“表达式”列值之和到
我试着做了一个for循环，但是我对R相对来说
浏览 1提问于2022-05-12得票数 0
如果基因组区间分数的表达式为: gr$score =log10(gr$p-值)，则p-值为: gr$p-value = 10^ -10/ gr$score。对我来说，以这种方式得到p值的表达式并不优雅。这是在R中转换p值的正确的形式表达式吗？expression 1: gr$score = -10*log10(gr$pvalue) gr$score = -1* log
浏览 0修改于2016-01-13得票数 0
回答已采纳
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号