基因表达数据筛选

Question

我有一个包含3064行和27列的矩阵，其中包含-0.5和2.0之间的值。我希望提取至少有一次值为>=0.5的每一行。作为回答，我想要整行在它的原矩阵形式。

假设m是我的矩阵，我试过：

m[m[1:190,1:16]>0.5,1:16]

由于这个命令不接受190行以上的进程，所以我选择了190行，但不知怎么出错了，因为它给了我值也小于0.5的行。

是否可以编写任何可用于整个矩阵的函数？

Answer 1

如果数据名为df，也可以这样做。

df2<- df[apply(df, MARGIN = 1, function(x) any(x >= 0.5)), ]

Answer 2

library(fBasics)
m2 <- subset(x = m, subset = rowMaxs(m)>=0.5)

Answer 3

mm=m[1:190,1:16]>0.5给出的是一个布尔矩阵，表示m[1:190,1:16]的哪个值大于0.5。

然后，当您执行m[mm]时，它将mm看作一个向量并给出相应的值。事情是dim(m) = 3064*27而不是dim(m[1:190,1:16]) = 190*16。这意味着mm的前27个值将用于获得m的第一行，而它们对应于mm的第二行的一部分。

因此，为了只有大于0.5的元素，需要将matrix应用于具有相同维度的m[1:190,1:16]，即：

`m[1:190,1:16][m[1:190,1:16]>0.5, 1:16]

但是这里要做的是m[mm, 1:16]，所以您将mm的每个单独值都看作一个行号，而它是一个190*16矩阵。这意味着您指定了190*16=3040行，因为m只具有3064行，因此它不能与更多的行一起工作。

您需要的是一个长度为190 (甚至3064 )的向量，指定要选择的行。您可以使用rowSums(m >=0.5)>0获得这个向量，这意味着每一行的值都大于0，大于0.5。然后通过以下方式获得输出：

m[rowSums(m >= 0.5) > 0,]

它将适用于整个矩阵。请注意，如果至少有一个值大于0.5，则某些值将小于0.5，因为您选择了整行。

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对于值为<0.5的行，想法是相同的：

m[rowSums(m < 0.5) > 0,]