根据基因表达值属性显示节点颜色

Question

我的值范围从-0.10100到0.28400 (总共120个连续值)。这个值代表120个基因的基因表达。在我的网络中，它们代表了TGFB1相互作用的基因。我正试着用照片库来规划我的网络。我想对我的节点颜色产生两种影响:第一种是:根据代表我属性的值范围，根据绿色的基因表达值(绿色是负值，红色是正的)对我的节点进行着色。然后，我想让红绿节点在-0.10100到0.04720之间变得透明。因为我不是一个R专家，我遇到了麻烦，对我的网络有这么多的影响。有人能帮我吗？

我的尝试：

tmp1= read.delim("mynet.txt"，header= T) g <- graph.data.frame(tmp1，directed=FALSE) V(g)$name 1 "COL6A3“"PDGFRB”"COL3A1“"COL5A1”"LOXL1“公司名称(v/c)，GEX (v/c)，颜色(v/c) tmp2= read.delim(myattributes.txt，header= T)基因S2N COL6A3 0.28400 PDGFRB 0.28100 COL3A1 0.26300 ..V(G)$GEX=as.numeric(tmp2$S2N$name(V(G)$name，tmp2$基因)) V(g)$color=V(g)$GEX

不幸的是，我停了下来，不能继续下去了。有人能帮我吗？

最好的

Answer 1

您可以为您的颜色创建到调色板的映射。假设您希望您的负值为绿色、零白色和正值红色，则此操作应该有效：

my_palette <- colorRampPalette(c("green", "white", "red"))(n = 10000)

sf <- max(abs(tmp2$S2N))
node.colors <- (tmp2$S2N+sf) / (2*sf) * 10000

plot(g, vertex.color=my_palette[node.colors])

Answer 2

也许这不是一个最佳的解决方案，但让我们看看它是否对您有用。基本上，你必须给V(g)$color分配一个颜色，而不是你现在所做的数字。我的解决方案是在连续数据上定义间隔，并为每个间隔分配颜色。要将连续数据(即df$S2N)映射到分类数据，可以使用cut。下面是一个示例：

library(igraph)
library(org.Hs.eg.db) # Bioconductor annotation package for human.

set.seed(123)

# create toy network:
g <- barabasi.game(10, directed = FALSE)

# assign random gene ids.
V(g)$name <- sample(keys(org.Hs.eg.db), 10)

# assign the gene symbol to the label attribute:
V(g)$label <- select(org.Hs.eg.db, keys = V(g)$name, columns="SYMBOL")$SYMBOL
plot(g)

# generate toy dataset:
df <- data.frame(GENE=V(g)$label, S2N=sample(seq(-2,2,.1),10,replace=TRUE))

# if you are plotting e.g. fold changes, you may want dark blue for 
# FC between -2 and -1, blue for FC between -1 and -.5, grey for -.5 and .5, and so on.
# define colors:
col <- c("darkblue", "blue", "grey", "orange", "red")

# map your continuous data to the intervals you want:
(colc <- cut(df$S2N, breaks = c(-2, -1, -.5, .5, 1, 2), include.lowest = TRUE))

[1] (-1,-0.5]  (0.5,1]    (-0.5,0.5] (1,2]      (0.5,1]    (-0.5,0.5]
[7] (-0.5,0.5] (1,2]      (1,2]      [-2,-1]   
Levels: [-2,-1] (-1,-0.5] (-0.5,0.5] (0.5,1] (1,2]

# assign the colors to the network
V(g)$color=col[colc]
plot(g)

请注意，keys和select来自AnnotationDbi包，该包处理org.Hs.eg.db中的注释(它是一个依赖项)，但在其他方面没有必要。这里只是为了这个例子而使用。