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Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7 Sample8 假设样本集包含不到5
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
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微阵列使生物学家能够测量基因在人类或其他物种中的表达水平。在一些研究中，对一些个体的基因表达水平进行了测量，其中一些人患有某种疾病，另一些人没有(对照组)，以确定哪些基因是差异表达的。目的是了解基因在所考虑的疾病发展中的作用。尽可能多地阅读下面的论文，并足够理解基本知识：相应的数据集(经过一些处理)可以在这里获得：识别差异表达基因的简单(有点过时)方法是对两组比较的每个基因进行(双侧)学生t检验。编写执行此
浏览 1提问于2016-05-17得票数 1
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我在excel中工作，有许多带有基因和相应表达值的文件。不同的文件(不同的样本)包含不同顺序的不同数量的基因。如何排列数据，使每个样本中的表达值与正确的基因对齐。Gene B - 7 Gene C - 2.Gene A - 9
Gene A - 10, 9Gene C - 2, N/A
Gene D - N/A, 4 我
浏览 61修改于2021-02-10得票数 0
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runif(5, -1, 1), "TCGA-HB-KH8H-01" = runif(5, -1, 1), "TCGA-A6，我把病人分成“高表达”
浏览 1修改于2015-03-03得票数 0
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它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。o 1214 a 4 14.413 a 2 13 2每一个样本有一
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
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我(一个新手，R)分析了两个处理对基因表达的影响的随机研究。在基线和1年后，我们评估了5个不同的基因。基因折叠计算为1年时的值除以基线值。示例基因: IL10_BL IL10_1Y IL10_fold
基因表达是作为一个连续变量来测量的，通常在0.1到5.0之间。100名患者被随机分为他汀类药物或饮食疗法。我想做的是：-Y轴应该以95%的置信限显示基因的平均表达-X轴应该是绝对的，以基线、1年和折叠值为5</
浏览 0修改于2014-08-11得票数 3
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我有一个包含基因表达水平信息的数据。如何制作条形图，其中X轴是基因名称，Y轴是表达水平？如果不将A基因和B基因合并到同一列并在单独的列中键入基因A和B，我就无法找到在ggplot2中标记A基因和B基因的方法。df <- data.frame(1:5,3:7)
浏览 3修改于2022-01-19得票数 0
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我有两个数据格式如下： X <- data.frame(matrix(rnorm(2000), nrow=10))
其中行代表基因，列代表基因型。对于每一轮的引导(n=1000)，应随机选择基因型而不替换此数据集(X)，并形成两组数据集(X'应有5种基因型，Y'应有5种基因型)。基本上，最后我将拥有1000个这样的数据集-- X'和Y'，它们将包含来自完整表达式数据集的5</e
浏览 2修改于2013-09-20得票数 0
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我有一些基因表达数据如下：> d
4 Gene_4 -2.736966 -3.058894 -2.643856 -2.943416当你从左向右阅读
浏览 2修改于2015-10-01得票数 1
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11.3436426 4 Both Deceased 7.2186817 23.7185255 9 None Censored 3.3001750 10.7255686 ggboxplot(df, x=&quo
浏览 15修改于2019-08-21得票数 0
我正在分析一个大型实验(12400个单细胞和23800个基因)的基因表达数据，我遇到了一个效率问题。我将在下面编写一个可重复的示例，但我的问题如下：
我将数据集中的鼠标基因转换为人类对应基因，以便与以前发布的其他数据进行比较。在某些情况下有多个匹配(一个人类基因被映射到多个老鼠基因)。在这种情况下，我想对这些多个基因的表达值进行平均值，并给出一个人类基因对应的表达值。我可以通过将表达</em
浏览 0提问于2018-11-10得票数 2
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我正在用R分析一些基因表达数据。我想要与eBayes做差异基因表达分析(limma是BioConductor的一部分)，但要做到这一点，我需要我的表达数据作为一个eset对象。详细说明我所拥有和想做的事情：，我有表达式数据，已经作为对数，归一化的肥胖值。数据在表达式矩阵中。大约有2万行，每一行都是一个基因，而行名是官方的基因名。有22列，每列对应于一个癌症样本。我有不同类型的癌症亚型，我想比较一下亚型1样本和第2组的基因</e
浏览 0提问于2014-08-30得票数 3
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在基因表达式编程中使用Karva符号来表示数学表达式。通过读取关闭的基因并从左到右、从上到下填充节点，创建一个表达式树。例如，使用"+*+1+2*3456“中的运算符( +，*)和终端(1,2,3,4,5,6)将计算为39。
我如何在haskell中使用attoparsec (或parsec)完成此操作？
浏览 5提问于2012-08-08得票数 3
我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
第一列只包括行名(基因列表)，第二列它们的表达值2)是一个基因簇文件，我有超过27,000个簇，每个簇由多个基因(从200到1)识别。我想计算每个基因簇的平均表达值。cluster 2 gene3 gene4....
cluster 27992 gene5
浏览 2修改于2019-12-31得票数 1
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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在正常状态下，我们有许多组生物复制的基因表达数据：gene replicate 1 replicate2 gene1-0.796896 -0.725085 gene3 -0.835920 -0.707572 gene50.724579 gene6 -0.815476 -0.737112 .... gene 20000
在
浏览 2提问于2017-05-15得票数 1
所以我有一些基因表达计数数据，其中列包含我所有的样本，每行包含大约60000个基因。我已经将数据转换为TPM，我想排除TPM阈值5以下的某些基因。为此，我需要使用df[df > 5] <- 1将TPM值>5转换为1，但也将TPM值<5转换为0，如下所示。什么代码可以做到这一点？
浏览 37提问于2021-05-27得票数 1
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目前，我有来自TCGA的基因表达数据，并在这样的data.frame中加载了某些基因( tumor =肿瘤样本和N=正常组织样本)：Patient_T 2 1 5 6 Patient_N该图表应描述所有的基因候选在x轴和表达水平在y轴分组的肿瘤和正常的每一个基因
浏览 0修改于2018-12-23得票数 0
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我正在制作一个代表基因表达的热图。Y轴是正在表达的基因，x轴上是病人.出于某种原因，ggplot自动地对我的y轴进行了排序，使基因按字母顺序排列。我的问题是:我有没有办法让这些基因与数据框架中的基因保持相同的顺序？2 YTHDF1 UBLT001 14 MAPRE1 UBLT001 1
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浏览 11修改于2022-07-27得票数 -1
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