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我有一个含有基因名称和样本编号的矩阵。每一行都是一个逻辑向量，指示检测到基因的样本。基因必须至少出现在8个样本中的4个样本中才能做到这一点(仍在矩阵中)。也就是说，这个矩阵中的所有基因都出现在4个或4个以上的样本中。"Sample5"
如何才能获得属于4个样本(列)的公共集合中最大的一组基因(行)？离群点算法迭代地对表达文件中的低表达基因进行修剪，直到95%的剩
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
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我有一个包含患者数据/存活率和基因表达数据的数据帧，如下所示2 Patient_2 1 1233 6632 ... 432994Patient_4 0 56 30603 ... 23999100 Patient_100 1 853 ... 25888
我所做的是编写一个函数，将每个单基因(例
浏览 5修改于2016-12-29得票数 0
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我在excel中工作，有许多带有基因和相应表达值的文件。不同的文件(不同的样本)包含不同顺序的不同数量的基因。如何排列数据，使每个样本中的表达值与正确的基因对齐。Gene D - 4 Gene A - 10, 9Gene C - 2, N/A
Gene D - N/A, 4 我可以用以下方法对基因进行比对： =IF(
浏览 61修改于2021-02-10得票数 0
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我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
它们(应该)包含相同的表达式数据，但它们具有不同的示例标识符。我需要做的是找到基因表达中最接近的匹配点，这样我就知道哪些样本对应。14.4每一个样本有一个额外的列，使基因表达中最接近的匹配对所有基因都有影响。但是额外的列必须基于所有的基因，而不是
浏览 1修改于2022-10-26得票数 1
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我有一个表达矩阵(trans_data : 32000个基因x620个样本)和一个临床矩阵(clin_data : 620个样本x42个临床特征)。样品属于A-B-C-D 4个群体中的1个。我想要比较A和B群体之间的基因表达，而不是试图将这两个矩阵联系在一起。 我想选择一个矩阵，每个基因在两个群体中的平均表达，然后是pvalue，然后是调整p值。然后我只能选择差异表达的基因(padj <0.05)。 谢谢你的帮助。阿兰
浏览 12提问于2019-03-29得票数 0
我有一个包含各种基因的基因表达数据的数据集，跨越24个不同的样本。在我目前的数据框架中，每行都是一个基因，每列都是一个样本。我想创建一个点图，其中每个点都是一个基因，y轴表示该基因在样本A中的表达，x轴表示该基因在样本B中的表达。sample_A<-c(2,3,1)genes <
浏览 12提问于2018-01-15得票数 0
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对于每个基因的“大于”患者，都会在一个名为high的元素中列出该基因(例如，对于第四个基因，“大于”的患者出现在high[[4]]中)。“小于”患者的情况也是如此，他们使用一个名为“low”的元素。，我把病人分成“高表达”和“低表达”两类。例如，出现在low[[3]]中的患者是那些第三种基因("TUR")的表达低于该基因平均水平的患者。下面，我有一个转换表patientID -到生存时间，以天为单位。surviva
浏览 1修改于2015-03-03得票数 0
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我在R中有一个数据框架，由两列组成：“基因”和“表达”。对于某些基因，它有重复的行，但是这些重复的条目有不同的表达值。我想压缩重复的行，这样每一个基因只有一行，并且这一行具有最大的“绝对”表达式值。data.frame(Gene=c("AKT","MYC","MYC","RAS","RAS","RAS","TP53"),
浏览 1修改于2015-03-13得票数 1
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我有一些基因表达数据如下：> d
3 Gene_3 -6.643856 5.766860 -6.127014 -6.726967
4 Gene_4 -2.736966，你可以看到，在某些基因中，表达总是阴性的，有些基因<
浏览 2修改于2015-10-01得票数 1
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3649.0 2 1733.5 2 3数据框架"avg“实际上，这个图有10个基因，因此矩阵是4 colX10行：684.2034 1 102.7142 7.191435第一张图显示了每个基因的平均<em
浏览 6修改于2012-11-21得票数 27
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我请求帮助比较不同时间点实验中的基因表达值，使用Excel或VBA进行比较，然后生成报告表。每个工作表(时间点)包含两列:基因ID和值，并且每个工作表中的基因ID可能不相同(时间点: 1H、4H和8H.等等)。在报告表(sheet4)中，我希望获得所有基因ID (第1栏)和每个时间点的值(第2栏、第3栏、第4栏)。因此，最终的表(表4)将包括来自每个表的所有基因ID到列1中，sheet1(value1)、sheet2
浏览 0修改于2012-05-18得票数 0
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我正在分析一个大型实验(12400个单细胞和23800个基因)的基因表达数据，我遇到了一个效率问题。我将在下面编写一个可重复的示例，但我的问题如下：
我将数据集中的鼠标基因转换为人类对应基因，以便与以前发布的其他数据进行比较。在某些情况下有多个匹配(一个人类基因被映射到多个老鼠基因)。在这种情况下，我想对这些多个基因的表达值进行平均值，并给出一个人类基因对应的表达值。我可以通过将表达</em
浏览 0提问于2018-11-10得票数 2
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63.8697194 3 Chemo Deceased 7.2186817 35.0621681 9 None Censored 3.3001750 10.7255686 ggboxplot(df, x=&quo
浏览 15修改于2019-08-21得票数 0
我需要比较细菌基因表达丰度的对照和疾病样本。我有一个由R.读取的大数据集，它包含58,000行不同的基因，以及6列。前三栏表示控制中的数值，其余三列来自疾病患者。pvalues <- apply(finalgenecount, 1
浏览 1修改于2019-11-01得票数 0
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在基因表达式编程中使用Karva符号来表示数学表达式。通过读取关闭的基因并从左到右、从上到下填充节点，创建一个表达式树。例如，使用"+*+1+2*3456“中的运算符( +，*)和终端(1,2,3,4,5,6)将计算为39。
我如何在haskell中使用attoparsec (或parsec)完成此操作？
浏览 5提问于2012-08-08得票数 3
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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第一列只包括行名(基因列表)，第二列它们的表达值2)是一个基因簇文件，我有超过27,000个簇，每个簇由多个基因(从200到1)识别。我想计算每个基因簇的平均表达值。gene80000 2.1
cluster 1 gene1 gene2 gene80 gene34500
cluster 2 gene3 gene4
浏览 2修改于2019-12-31得票数 1
我试图对23个样本的表达数据(约500个基因)进行监督自组织映射。将23份样本分为4组。我想在这4组上获得具有相似表达模式的基因图谱。
浏览 0修改于2020-09-27得票数 2
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基本上我有两个数据框对象，一个是基因及其在不同患者中表达水平的主列表，另一个只有一列大小。然后，一个只有一列的列表是属于特定基因子类别的基因列表，所有这些基因都在主列表中。我正在尝试创建一个数据框架，其中我有我的特定基因子集及其在主列表中包含的不同患者的表达。我尝试使用merge()函数，但只创建了一个空的dataframe。我认为这段代码应该在我的主列表中找到特定列表中的所有基因，然后只获取这些基因并添加用于患者表达</em
浏览 24提问于2020-07-13得票数 0
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