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当尝试使用Bio::Tools:: run ::Samtools运行mpileup时，我发现'mpileup‘没有注册。我做错了什么？任何指向正确方向的指示都将受到感谢。谢谢你们……
浏览 4提问于2013-04-01得票数 0
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我已经在我选择的文件夹下安装了samtools。另外，/usr/local/bin/samtools中还有另一个不同版本的samtools，安装在我选择的文件夹下，最新版本的samtools。当我使用which samtools时我如何能够永久地只使用我已经安装的samtools版本？我是否需要删除/usr/local&#
浏览 0提问于2017-03-28得票数 0
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我正在使用pysam对.bam文件进行dome数据挖掘。我想检查一个读取器是否有一个映射伙伴。该命令如果未映射配对，则抛出错误，因此如果我这样做了这也会抛出一个错误。有没有其他方法可以检查read是否有映射伙伴？
浏览 10提问于2015-12-16得票数 0
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我使用"samtools calmd“将MD标记添加回BAM文件。原始BAM的大小约为50 of (利用pacbio HIFI读取的全基因组序列)。我遇到的问题是“冷静”的速度非常慢！strBAMDir + "/pbmm2/v37/{wcReadsType}/Benchmark/rawReads{readsIndex}.MD.benchmark.txt" "samtoolscalmd -@ {threads} {input} {pa
浏览 7提问于2022-02-08得票数 2
1} -o /home/Teste1/samtools/sorted/{/.}-j 4 'samtools index {1} -@ 8' ::: /home/Teste1/samtools/sorted/*-sorted.bam 我试过了： parallel --verbosesamtools sort - - -@ 4 | / #sort bams
tee /home&
浏览 233提问于2021-04-21得票数 1
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我正在尝试从qsub调用运行一些samtools命令(在集群上运行)。由于某些原因，这些命令似乎无法识别。但是，如果我复制粘贴命令并直接从终端集群运行它，它就能正常工作。${NODE_NUM}:ppn=${NODE_PPN}"#PBS QUEUE="high"samtoolsindex /data/test.bam /data/test.bai
如果我直接从终端
浏览 6提问于2015-02-16得票数 0
当我在Cygwin (windows 8 64位)下编译Samtools时，我得到了一个错误。我收到了以下消息：$ make make[2]: Entering directory '/
浏览 3修改于2015-01-29得票数 1
我试图在openSUSE上安装samtools，我这样做了：./configure工作得很好。.对于samtools：make install /usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/4.8/../../../..ld: cannot find -lcurses
coll
浏览 1修改于2018-09-14得票数 2
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我在一个没有根访问和的HPC上，我不能使用sudo命令，但是我试图让samtools-1.10工作，不幸的是我得到了错误消息：to be installed on the build/configure -prefix /home/vbuswell&
浏览 5提问于2020-02-03得票数 1
我正在使用samtools faidx提取与BLAST输出文件(格式为tabular -outfmt 6)给出的范围相匹配的序列。不幸的是，有正向和反向的BLAST匹配。samtools faidx处理前向范围时没有任何问题。相反的范围会导致samtools给出错误消息。语法为：在反向匹配("$start“> "$end"
浏览 76提问于2020-11-13得票数 0
我需要安装一个特定版本的samtools (0.1.19) (在https://sourceforge.net/projects/samtools/中找到)。
/配置返回“没有这样的文件.”
浏览 0提问于2018-11-24得票数 1
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我最近安装了samtools，是用linux中的命令'make‘编译的，用的是gcc。如果它们出现了，这可能会成为运行samtools的一个潜在问题？
谢谢。
浏览 2提问于2015-02-08得票数 0
我希望有一个非常简单的makefile编译main.cpp (并最终编译samtools代码)。然而，由于我对makefile知之甚少，我可能做错了什么。这是我的makefile：HTSLIB=${SAMTOOLS}htslib-1.9/
${MAKE} -C${SAMTOOLS}
htslib:
浏览 46修改于2018-10-21得票数 4
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我正在使用subprocesss.run()在python中运行samtools命令。代码如下： result = subprocess.run(['samtools', 'faidx', 'hg38.fa.gz', 'chr1:169699712-169699719'], check=True, stdout = subprocess.PIPE) 我遇到了以下问题： CalledProcessError: Command '['samtools</e
浏览 34提问于2021-02-06得票数 0
我见过使用varscan通过管道传输samtools，如下所示 samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -#Generate a three-sample mpileup -f ref.fasta \
dad.bam mom.bam
浏览 26提问于2021-01-13得票数 0
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我有需要将500+文件从.bam更改为.sam的文件，所以我尝试使用samtools。scratch/spectre/h/home/Data_Sam"dosamtools我也尝试过这样做，以防事情变得复杂：
for i in `ls ${/scratch/spectre/h/home&#
浏览 3修改于2022-06-30得票数 0
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我正在尝试在anaconda上使用python运行samtools。我正在运行macosx catalina。以下是错误代码 dyld: Library not loaded: @rpath/libcrypto.1.0.0.dylibzsh: abort samtools 为了通过anaconda安装早期版本的openss
浏览 57提问于2020-04-12得票数 4
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我正在与samtools索引做斗争。“未能打开文件”sorted.bam: Exec格式错误samtools索引:未能打开“s
浏览 8修改于2022-03-08得票数 0
我使用Conda环境安装了Samtools。我的MacBook是基于苹果硅M1的。最近我做了系统更新，现在是macOS蒙特利12.4。现在，Samtools显示了以下错误。Library not loaded: @rpath/libcrypto.1.0.0.dylib
Referenced from: /Users/atnik/opt/anaconda3/bin/samtoolslibcrypto.1.0.0.dylib' (no such file), &
浏览 28修改于2022-06-12得票数 0
有时，使用在不同版本之间切换时，shell调用是不同的，例如Samtools 0.1.18和Samtools 1.3.1。对前缀需要不同的格式设置。辅助文件 (CentOS5-Compatible) [tboyarski@login3 bin]$ ./samtools sort
Usage: samtools sort [options...]”+‘sort -no -m’+ str(config"sortMem") +‘- -T’+ str
浏览 2修改于2020-09-17得票数 1
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