Samtools在系统更新后无法工作(libcryption.1.0.0.dylib‘(没有这样的文件))

Question

我使用Conda环境安装了Samtools。我的MacBook是基于苹果硅M1的。最近我做了系统更新，现在是macOS蒙特利12.4。现在，Samtools显示了以下错误。

dyld[29136]: Library not loaded: @rpath/libcrypto.1.0.0.dylib
  Referenced from: /Users/atnik/opt/anaconda3/bin/samtools
  Reason: tried: '/Users/atnik/opt/anaconda3/bin/../lib/libcrypto.1.0.0.dylib' (no such file), '/Users/atnik/opt/anaconda3/bin/../lib/libcrypto.1.0.0.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libcrypto.1.0.0.dylib' (no such file), '/usr/lib/libcrypto.1.0.0.dylib' (no such file)
zsh: abort      samtools

它似乎正在试图在库中查找“libcryp.1.0.0.dylib”文件。我查看了库，其中可以看到“libcryp.1.1.dylib”，但看不到“libcryp.1.0.0.dylib”。我重新安装了Anaconda和Samtools，但是得到了相同的错误。安装的samtools版本是samtools-1.4.1-0。我试图安装最近的版本(如1.9或1.11)，但无法安装。

Answer 1

您真的不应该在Anaconda base环境中使用Bioconda包，因为生物 conda-forge通道具有最高优先级，但是Anaconda base从anaconda通道开始，要改变这一点是非常令人沮丧的(例如，缓慢的解决)。我真的不知道为什么这以前起作用了。

请注意，如果您安装Anaconda主要是为了使用Bioconda，那么可能需要重新考虑安装微型锻造变体。我知道很少有生物信息人员真正需要一个完整的Anaconda安装-他们真的只是想要Conda环境和包管理，这是目前最好的使用Mamba。因此，我通常推荐用于新安装的曼巴福尔。

建议:停止使用Anaconda基地

我建议停止使用基础来安装Bioconda软件包。相反，创建一个新的环境，例如，

## create and activate a new environment (name it whatever)
conda create -n bio
conda activate bio

## configure channels
## See: https://bioconda.github.io/user/install.html#set-up-channels
conda config --env --add channels defaults
conda config --env --add channels bioconda
conda config --env --add channels conda-forge

## install software
conda install samtools

在安装新软件包之前，一定要激活环境，否则通道配置将不会被设置。

替代修复

如果您出于某些原因不想遵循我的建议，那么您安装在base环境中的很可能可以通过从conda- for 重新安装openssl (这是提供libcrypto.dylib的功能)来修复。

conda install conda-forge::openssl

但是，这可能会导致Anaconda包中的缺少符号问题。