在python中使用subprocess.run()运行samtools的问题

Question

我正在使用subprocesss.run()在python中运行samtools命令。代码如下：

result = subprocess.run(['samtools', 'faidx', 'hg38.fa.gz', 'chr1:169699712-169699719'], check=True, stdout = subprocess.PIPE)

我遇到了以下问题：

CalledProcessError: Command '['samtools', 'faidx', 'hg38.fa.gz', 'chr1:169699712-169699719']' died with <Signals.SIGABRT: 6>.

samtools命令在终端中运行成功，但在subprocess.run中运行失败。

有谁知道bug的原因吗？非常感谢。

Answer 1

也许可以尝试使用此代码，我使用类似的代码来运行bwa、samtools和其他命令，到目前为止还没有出现问题：

import subprocess

def run(cmd) :
   proc = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
   proc.communicate()

cmd = "samtools faidx /path/to/file.fa.gz" # change for desired command line here
run(cmd)