使用samtools faidx提取反向BLAST匹配

Question

我正在使用samtools faidx提取与BLAST输出文件(格式为tabular -outfmt 6)给出的范围相匹配的序列。不幸的是，有正向和反向的BLAST匹配。samtools faidx处理前向范围时没有任何问题。相反的范围会导致samtools给出错误消息。

语法为：

samtools faidx  file.faa  "$scaffold":"$start"-"$end"

在反向匹配("$start“> "$end")的情况下，错误消息是：

>$Scaffold:$start-$end/rc
[faidx] Zero length sequence: $Scaffold:$start-$end

有没有人知道samtools是否可以使用特定的标志来处理反向输入？我还没有找到在生物科学中很常见的这种情况的脚本！

Answer 1

我还没有在云处理反向输入的samtools中看到任何特定的“标签”。

尝试：

samtools faidx file.faa "$scaffold": "$end"-"$start"

它仍然是你想要的区域。如果您希望提取的序列处于相反(和互补)的方向，请尝试一些online tools。

Also, here's explanation about BLAST output reversed