Samtools pysam mate

Question

我正在使用pysam对.bam文件进行dome数据挖掘。我想检查一个读取器是否有一个映射伙伴。该命令

mate = samfile.mate(read1)

如果未映射配对，则抛出错误，因此如果我这样做了

if samfile.mate(read1): ...

这也会抛出一个错误。有没有其他方法可以检查read是否有映射伙伴？

谢谢。

Answer 1

AlignedSegment.mate_is_unmapped应该可以为您工作。请参阅docs for pysam

if not read1.mate_is_unmapped:
    mate = samfile.mate(read1)
    ...

或者，您可以只捕获异常并继续前进，但依赖于正常程序流的异常处理并不理想。