如何使用cygwin编译和使用samtools

Question

我需要一些帮助来解决这个问题。当我在Cygwin (windows 8 64位)下编译Samtools时，我得到了一个错误。

我收到了以下消息：

ADMIN@USER ~/samtools-0.1.19

$ make    
make[1]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
make[2]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -DBGZF_CACHE -I. bgzf.c -o bgzf.o    
In file included from bgzf.c:32:0:    
bgzf.h:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory    
#include <zlib.h>        
^         
compilation terminated.    
Makefile:56: recipe for target 'bgzf.o' failed    
make[2]: *** [bgzf.o] Error 1
make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'lib-recur' failed
make[1]: *** [lib-recur] Error 1
make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'all-recur' failed
make: *** [all-recur] Error 1 

请告诉我哪里出了问题，以及我需要如何纠正它。我尝试对Makefile进行一些更改，比如将-D_CURSES_LIB=1更改为-D_CURSES_LIB=0，将"LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses“更改为"LIBCURSES= # -lcurses # -lXCurse

错误消息仍然存在，请帮助..

Answer 1

我遇到了同样的问题，并通过以下步骤解决了它：

启动Cygwin安装程序，在“选择包”页面，搜索并安装gcc-g++，gdb，make，libncurses，zlib，zlib-devel。

下载并解压缩samtools。

将-Dexpl=exp -Dlogl=log附加到Makefile的默认DFLAGS行，例如：

DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log

运行make clean清除以前的构建尝试。

然后运行make。

将samtools.exe和misc文件夹复制到系统路径。或者，对于samtools 1.0版或更高版本，运行make install。

请注意: samtools现在是version 1.1版本。你应该先试一下。

有关更多信息，请访问my blog。