使用SAMtools并存储大量文件的输出

Question

我有需要将500+文件从.bam更改为.sam的文件，所以我尝试使用samtools。我在这里做了一些研究，找到了这个答案(在shell脚本中更改循环中的文件路径输出)，并对其进行了修改，以适应我的工作：

input_files="/scratch/spectre/h/homeTCGA_Data/*.bam"
output_files="/scratch/spectre/h/home/Data_Sam"
for i in $input_files 
do
tmp=$(i/scratch/spectre/h/home/Data_Sam) 
samtools view -h $i > $(tmp/.bam/.sam)
done

我在这方面完全是新手，所以我假设我在某个地方犯了一个明显的错误。我遇到的错误是目录'Data_Sam‘和’歧义重定向‘不存在。我查过了，它确实存在于划痕中。我也尝试过这样做，以防事情变得复杂：

 for i in `ls ${/scratch/spectre/h/home/Data/}/*.bam`
 do
 samtools view -h <$i >${/scratch/spectre/h/home/Data_Sam}/$i.sam
 done

为此，我得到了${/scratch/spectre/h/home/Data/}/*.bam`的错误“坏替代”。

我还尝试了以下操作，并得到了错误“错误替换”：

for i in "ls ${/scratch/spectre/h/home/Data/}/*.bam";
do filename "${i%%.*}";
samtools view $i ${filename}.sam;
done

有没有办法循环我的500+文件，将它们从bam更改为sam，并将它们存储在新的地方？

Answer 1

在第一次尝试中，您要寻找的字符串替换语法是${parameter/pattern/string}，其中参数被展开，结果是最长的模式匹配被字符串替代。注意，这个语法使用大括号，而不是括号(参见Bash手册中的壳参数展开 )。

我想这就是你想要做的

input_files="/scratch/spectre/h/home/Data/*.bam"
for i in $input_files 
do
    tmp=${i/Data/Data_Sam}                 # replace 'Data' with 'Data_Sam'
    samtools view -h $i > ${tmp/.bam/.sam} # replace '.bam' with '.sam'
done

通过进行小的更改，您可以很容易地使它对包含空格或中间包含".bam“的文件名更加健壮：

input_files="/scratch/spectre/h/home/Data/*.bam"
for i in $input_files 
do
    tmp="${i/Data/Data_Sam}"
    samtools view -h "$i" > "${tmp/%.bam/.sam}"
done