从qsub运行samtools

Question

我正在尝试从qsub调用运行一些samtools命令(在集群上运行)。由于某些原因，这些命令似乎无法识别。但是，如果我复制粘贴命令并直接从终端集群运行它，它就能正常工作。有没有人遇到过这样的问题，或者知道我做错了什么？谢谢,

帕特里克

我的qsub (这不起作用)：

#!/bin/bash
#./etc/sysconfig/pssc
#PBS -S /bin/bash
#PBS JOB_NAME="QSH_$(whoami)"
#PBS NODE_NUM="1"
#PBS NODE_PPN="${NODE_NCPUS}"
#PBS HOURS="24"
#PBS MINUTES="00"
#PBS SECONDS="00"
#PBS WALLTIME=${HOURS}:${MINUTES}:${SECONDS}
#PBS RES_LIST="nodes=${NODE_NUM}:ppn=${NODE_PPN}"
#PBS DIR_WORK="${PBS_O_WORKDIR}"
#PBS QUEUE="high"
#PBS cd ${DIR_WORK}
samtools index /data/test.bam /data/test.bai

如果我直接从终端运行该命令，它可以工作：

samtools index /data/test.bam /data/test.bai

Answer 1

你记得用cd进入你的工作目录了吗？我不相信qsub在例如PBS cd ${DIR_WORK}中扩展了$变量。

尝试使用此脚本：

#!/bin/bash
#./etc/sysconfig/pssc
#PBS JOB_NAME=test
#PBS WALLTIME=24:00:00

cd ${PBS_O_WORKDIR}

echo `pwd`
dir