如何使用varscan trio调用者管道samtools mileup？

Question

我见过使用varscan通过管道传输samtools，如下所示

samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp

但是如何为varscan trio输送以下管道呢？

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam > trio.mpileup

#Run VarScan trio
varscan trio \
     trio.mpileup \ #this is input
     trio.mpileup.output \ #this is output
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

Answer 1

不知道varscan是否支持这一点(甚至不知道它是什么)，但请尝试

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam |

varscan trio \
     - \
     trio.mpileup.output \
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

如果你使用Bash，你可以用/dev/stdin替换-，这对varscan来说应该只是一个文件名而已。