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软件介绍之Samtools
包含有许多命令，我这里主要介绍几个: samtools官网：http://www.htslib.org/ 一、软件安装 使用conda安装 conda install samtools 二、Samtools 的用法 1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。 .samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序，按最左坐标排序，或使用-n时按读取名称排序。 4.samtools flagstat samtools flagstat用于给出BAM文件的比对结果。 常用参数: -@ INT # 设置读取文件时要使用的额外线程数。 使用samtools view命令再试试看？
3K30发布于 2021-07-06 - 来自专栏生信技能树
samtools安装踩坑记录
问题描述： 我用conda安装的samtools软件 但是在使用samtools的时候，总是报错，没有载入samtools的库文件（动态库缺失） samtools: error while loading 解决方法： 首先是确认问题，通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。 which samtools /home/amliang/miniconda3/envs/rna/bin/samtools cd ~/miniconda3/envs/align/bin/samtools 网上有前辈说，这可能是因为安装的软件版本太新，使得软件有一些bug还没来得及被发现和解决 我自己安装的samtools是最新的1.8版本，可能在安装时samtools的预编译版本不会自带tinfow，它默认我们自己提供 所以，鉴于上面的猜测和参考前辈的经验 我就尝试着调低一个安装版本，我安装的是samtools 1.5版本， conda install samtools=1.5 然后，运行了一下，发现可以正常使用。
3.4K70发布于 2018-07-27 - 来自专栏Y大宽
samtools`markdup`操作的正确顺序
一步法找基因变异流程 samtoolsmarkdup操作的正确顺序 The first sort can be omitted if the file is already name ordered samtools sort -n -o namesort.bam example.bam 必须是-n，不能省略 Add ms and MC tags for markdup to use later samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam -m不能少 Markdup needs position order samtools sort -o positionsort.bam fixmate.bam Finally mark duplicates samtools markdup positionsort.bam markdup.bam
3.2K20发布于 2019-06-04 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
samtools小实例(未完成)
52.PNG （比对完输出到屏幕的结果还是不明白） 第三步：使用samtools将sam格式转换为bam格式并且把bam格式sorted(这个sorted起什么作用自己还不太明白) samtools view sort eg2.bam -o eg2.sorted.bam samtools index eg2.sorted.bam #过滤没有比对到参考基因组的reads samtools view -F 4 常用操作 #没有比对到参考基因组上reads的数量 samtools view -c -f -4 aligned.sorted.bam #sam转bam samtools view -b -S -o A.bam A.sam #排序 samtools sort A.bam -o A.sorted.bam #索引 samtools index A.soretd.bam samtools fastq samtools stats samtools flags 参考文献 1、samtools使用大全 【CSDN】 2、https://bedtools.readthedocs.io/en/latest
1.5K10发布于 2020-03-03 - 来自专栏生信菜鸟团
sambamba与samtools的细节差异
常用，于是写了一个samtools版本。 -M temp.metrics $ samtools sort -@ 24 gatk_markduplicates.bam -o gatk_markduplicates_sorted.bam $ samtools $ samtools view --no-header query_grouped_samtools.bam | awk '{print $1}' | uniq | grep -A 2 -B 2 -n 试图解决 发现samtools的小问题之后，查阅了一下samtools-sort文档[1]。 文档: http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html [2]smowton: https://github.com/samtools/samtools/issues
4K20编辑于 2022-05-24 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Samtools（SAM文件处理工具）
sequence Alignment/mapping) 数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式 转换 BAM 与 SAM 格式 比对文件排序，建立fastq索引 安装 conda install -y samtools 这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 使用 1、常用的三个步骤 转换 SAM 格式为 BAM 格式 samtools view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam 对比对后文件进行排序 samtools sort SRR00000.bam -o SRR00000_sorted.bam 对排序后文件建立索引 samtools index SRR00000_sorted.bam 通常以上的三个步骤是依次进行 2、格式转换 sam -> bam samtools view -S SRR00000 /doc/samtools.html
1.3K10发布于 2021-01-12 - 来自专栏生信菜鸟团
生物信息学必备工具—SAMtools
工欲善其事必先利其器 1Samtools Samtools 同样是由李恒博士开发的一套与高通量测序数据交互的程序。 这些优势使Samtools成为生物信息学领域研究人员广泛使用的关键工具之一。 2发表文章 题目：The Sequence Alignment/Map format and SAMtools ；The Sequence Alignment/Map format and SAMtools wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.18/samtools-1.18.tar.bz2 tar -xf samtools samtools index d0_sort.bam #设定线程 samtools index -@ 2 d0_sort.bam samtools index -b -@ 2 d0_sort.bam
3.7K10编辑于 2023-12-14 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
RNAseq分析流程-Hisat2+Samtools+Stringtie
-S align.sam/sample.align.sam > align.log/sample.align.log 2>&1 #samfiles sorting samtools align.sam/${sample}.align.sam > align.log/${sample}.align.log 2>&1 #samfiles sorting samtools
1.3K10发布于 2020-04-01 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
samtools faidx创建fasta格式文件索引fai
fa文件的索引为fai结尾的文件，可以使用samtools faidx命令创建，具体用法如下： #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5
6.5K60发布于 2020-11-12 - 来自专栏生信技能树
samtools加bcftools快速检测某个基因是否突变
众所周知，samtools加bcftools的找变异流程的运行速度是非常慢的，如果是全基因组，可能得耗费三五天。可以说是 比已经慢的发指的gatk流程还磨人！ samtools加bcftools流程 代码如下： grep H3F3A ~/reference/gtf/gencode/protein_coding.hg19.position # samtools samtools mpileup -r chr1:226249552-226259702 -ugf ~/reference/genome/hg19/hg19.fa *sorted.bam | bcftools
1.4K20发布于 2020-03-25 - 来自专栏DrugOne
Samtools（CentOS Linux）安装及常用命令详解
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam .tar.bz2 cd samtools-1.9 . /configure --prefix=/opt/samtools1.9 make make install 4.配置环境变量 gedit ~/.bashrc #Samtools1.9 export PATH=/opt/samtools1.9/bin:$PATH source ~/.bashrc 5.运行：samtools ? Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region，则是输出所有的 region.
3K20发布于 2021-01-28 - 来自专栏简说基因
生物信息学必备技能：一文解锁Samtools
在众多工具中，Samtools 表现亮眼，不管是基因组学还是转录组学研究，都能助力数据处理。它到底有什么厉害之处？接下来，一起深入了解这个强大工具集。 SAMtools 提供了一系列命令行工具，可以高效地进行数据索引、排序、过滤、转换等操作，非常适合处理大规模的基因组数据。 功能特点 1. 高性能： SAMtools 使用高效的算法和数据结构，确保在处理大量基因组数据时仍能保持高速性能。 在Galaxy 生信云平台（网址：https://usegalaxy.cn）上，你可以方便地使用 SAMtools 进行各种基因组数据分析。 希望这篇文章能让大家对 Samtools 有更进一步的了解，如果还有疑问，欢迎随时提问哦！
80410编辑于 2025-01-17 - 来自专栏生物信息云
转录组分析 | 使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引
接下来，我们要做的事情就是使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引。 一.SAMtools介绍 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。 samtools更多信息：http://www.htslib.org/ 1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。 参考：http://www.htslib.org/doc/samtools-index.html 4.samtools flagstat samtools flagstat用于给出BAM文件的比对结果。 2 排序(samtools sort) 单个排序: samtools sort -l 4 -o ./cleandata/samtools_bam/CK-4_sort.bam . /cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam.bai;done 4.查看reads比对情况(samtools flagstat) samtools flagstat cleandata
27K53发布于 2020-09-23 - 来自专栏全基因组关联分析
GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。 LB：测序文库的名字，如果上面的lane ID足够用于区分的话，也可以不用设置LB； （用GATK检测变异 其中ID,PL和SM信息是必须的） 二、samtools格式转换 1.sam格式转换为bam格式 samtools view -bS example.sam -o example.bam # -b 输出bam格式文件 -S 输入sam格式文件 2.质控 samtools view -h -b - q30 example.bam > example.q30.bam # -q 比对的最低质量值 -h 输出的文件包含头部信息 -b 输出bam格式文件 3.构建索引 samtools faidx base %EF%BC%89/变异检测（BWA+SAMtools+picard+GATK） https://www.jianshu.com/p/c41e8f3266b4 GATK4.1 call SNP
14K69发布于 2020-10-19 - 来自专栏HUBU生信
利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换
格式文件的二进制保存 在进行下一步的转录本组装时要用到cufflinks软件，而cufflinks只接受bam格式的文件作为输入，所以我们要把sam格式的文件转换为bam格式的文件以便进行下一步操作 samtools 可以有效地帮我们解决这个问题 samtools view [-bhuHS] [-t in.reList] [-o output] [-f repFlag] [-F skipFlag] [-q minMapQ ] [-l library] [-r read] -b 以BAM格式输出，可以用于samtools的后续分析 -u 以未压缩的BAM格式输出，可以节约时间，一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式，如果确实@SQ头，则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时，cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam
6.9K10发布于 2018-12-27 - 来自专栏生信喵实验柴
sam和bam处理案例
samtools使用案例演示 mkdir 52.samtools;cd 52.samtools; cp ../52.bwa/mgh78578.sam all.sam #1 sam文件验证 samtools #2 sam和bam格式转换 samtools view -O bam -o all.bam all.sam samtools view all.bam -o all.sam #转换成cram格式, 很少用 samtools view -O cram -o all.cram all.sam -T MGH78578.fasta #3 bam排序 samtools sort -@ 4 -m 12G - O bam -o all.sorted.bam all.sam #4 排序后建立索引 samtools index all.sorted.bam #5 比对结果统计 samtools stats #8 统计目标区域覆盖度 samtools bedcov test.bed all.sorted.bam #9 统计每个位点测序深度depth samtools depth all.sorted.bam
88520编辑于 2022-10-25 - 来自专栏Y大宽
5 一步法找基因变异流程
index {} 如果是服务器需要下载到本地查看 4 去除PCR重复 需要samtools的4个命令 align文件夹 samtools markdup -r SRR7696207.bam SRR7696207 Please run samtools fixmate on file first. 提示先要sort,并且要以queryname进行sort $ samtools sort -n -o SRR7696207.sort.bam SRR7696207.bam $ samtools sort 接下来就可以逆回去了，也就是是正确的顺序（本篇最下方有说明） $ samtools sort -n -o SRR7696207.namesort.bam SRR7696207.bam $ samtools flagstat SRR7696207.bam samtools flagstat SRR7696207.rm.bam 结果如下 $ samtools flagstat SRR7696207.bam
1.8K40发布于 2019-06-03 - 来自专栏生信修炼手册
测序深度的计算，你真的掌握了吗
计算测序深度是数据分析中的一个常规操作，常用的工具有以下几种 1. samtools depth 命令如下 samtools depth input.bam > sample.depth 2. samtools 原本以为计算测序深度就是这么轻松的一件事，但是在比较不同方法的输出结果时，却发现部分区域samtools计算的结果和bedtools的结果对应不上，结果如下 ? 第三列为samtools软件计算出来的结果，第四列为bedtools软件计算出来的结果，可以看到，samtools的结果比bedtools少了很多。 从reads来看，确实应该是10和16条，那么samtools计算出来的结果又是什么， 总不可能是samtools的bug吧，作为一个应用这个广泛的软件，不可能有如此低级的错误。 作为SAM文件的官方操作工具，samtools内置了对flag的过滤， 而bedtools默认没有进行这样的过滤，只是简单统计了该区域比对上的reads数目。
4.2K40发布于 2020-05-07 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程
view -Sb - > {output}" 通过bwa，将输入的fq 文件，和提供的参考基因组作为输入， 并直接通过管道符号通过samtools 转为bam。 ps：这里如果直接使用samtools 的-o 参数呢？ view -Sb - > {output}" rule samtools_sort: input: "mapped_reads/{sample}.bam" output view -Sb - > {output}" rule samtools_sort: input: "mapped_reads/{sample}.bam" output }.bam" output: "sorted_reads/{sample}.bam.bai" shell: "samtools index {input}
1.8K51编辑于 2022-07-07 - 来自专栏生信技能树
高通量测序如何寻找T-DNA插入的位置
index align/data.bwa.bam 第四步：使用IGV和samtools探索比对结果. samtools是处理SAM/BAM格式的常用工具，而IGV则是可视化利器。 首先用samtools的flagstat统计比对的总体情况： $ samtools flagstat align/data.bwa.bam20000 + 0 in total (QC-passed reads samtools view -b -F 0x2 align/data.bwa.bam | samtools view -b -G 141 | samtools view -G 77 | cut -f 4 | sort | head -n2samtools view -b -F 0x2 align/data.bwa.bam | samtools view -b -G 141 | samtools view samtools view -b -F 0x2 align/data.bwa.bam | samtools sort -n | samtools fastq -1 read_1.fq -2 read_2
17.7K90发布于 2018-03-29
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