用samtools索引索引排序对齐文件会产生"Exec格式错误“

Question

我正在与samtools索引做斗争。

我已经使用"bwa mem reference.fa seq.fastq > alg.sam"进行了对齐。

生成的sam文件使用"samtools view -S -h -b alg.sam > alg.bam"转换为bam格式。

接下来，使用"sort -h alg.bam >sorted.bam"对文件进行排序。

现在我们来看看问题："samtools index -b sorted.bam"总是返回以下错误：

“未能打开文件”sorted.bam: Exec格式错误samtools索引:未能打开“sorted.bam: Exec格式错误”

我读到samtools版本1.9经常返回此错误。但是，我已经安装了samtools 1.10版本，仍然找不到解决这个问题的方法。

Answer 1

我终于发现了错误。我们需要编写"samtools排序alg.bam -o sorted.bam“，然后输出可以用作samtools索引的输入。