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当我运行以下代码时，我甚至没有得到一个blast结果。有没有人能告诉我如果他们发现了bug？from Bio.Blast import NCBIWWWfrom Bio.Blast import NCBIXMLimport time
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn&
浏览 35修改于2021-03-11得票数 0
2回答
我已经多次使用NCBI blast进行本地blast搜索，但现在我正在寻找有趣的替代方案。在我的搜索过程中，我发现了一些有趣的结果，如CUDA-Blast，GPU-Blast，WU-Blast，BlastStation2，mpiBlast和Turboblast。有没有人使用过这些工具？有什么重要的商业或非商业blast工具我错过了吗？谢谢,
Beeth
浏览 1修改于2012-03-02得票数 2
有谁有使用XGrid运行BLAST的经验吗？ 谷歌搜索显示，有一个名为“Xgrid BLAST”的工具存在，但不知道从哪里获取。
浏览 1修改于2013-01-09得票数 1
我有一个包含blast输出的巨大文件，我需要选择查询ID、主题gi和框架(基本上是整行)，而最小的e值忽略了重复行(省略了其他较高e值的所有其他行)。usr/bin/perl -w
# 01/07/2014#If no arguments are passed, show usage message and exit program.
i
浏览 1修改于2020-08-23得票数 0
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seq_masker_istat_factory.cpp"，T0第271行:错误:ncbi：：CSeqMaskerIstatFactory：：T0()-无法创建一个单位计数容器
我使用这个命令创建blast
浏览 7修改于2020-06-20得票数 3
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当我运行tblastn时，我得到了以下错误消息
T BLAST -query ~/seq.fa -out ~/seq.out -db ~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr -num_alignments 20000 blast数据库错误:在搜索路径~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/bin::/directory/path/
浏览 4提问于2014-04-17得票数 0
我指的是这个链接：，在单机上尝试blast搜索。我从NCBI网站上下载了blast应用程序和refseq_rna blast数据库。blast搜索只需要几秒钟就能得到结果。我想问一下，有没有什么方法可以让blast搜索花更多的时间在blast数据库中搜索匹配的序列？
浏览 4提问于2012-10-27得票数 0
我得到了ncbi-blast: not found，尽管它应该在那里(https://packages.debian.org/jessie/amd64/ncbi-blast+/download) libapache2-mod-php5 \ php5-gd && \
ncbi-blast
浏览 0修改于2018-06-26得票数 0
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我在试图对本地nt数据库使用blast v2.12时出错。我从ftp服务器上下载了两次nt，认为它第一次损坏了，但这并没有改变任何事情。qlen" -num_alignments 10000 -query QUERY > OUT.csvError: NCBI C++ Exception:
T0 "/build/ncbi-blast+-S1iyIZ/ncbi-blast+-2.9.0/c++/src/serial/objistr
浏览 34提问于2021-12-15得票数 0
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我试图读取通过向NCBI blast网站提交多个序列而生成的XML文件列表。从每个文件中，我想打印某些信息行。我想要读的文件都给出了后缀"_recombination.xml"。for file in glob.glob("*_recombination.xml"): blast_record=NCBIXML.read但我得到了以下错误：File "Scripts
浏览 2修改于2013-03-14得票数 1
from Bio.Blast import NCBIXML "blastnCACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC",
blast_records= NCBIX
浏览 2修改于2014-07-11得票数 0
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我尝试使用Biopython的NcbiblastxCommandline工具在"nr“数据库中本地运行blastx，但我总是得到以下关于蛋白质数据库搜索路径的错误：>>> nr = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal"U
浏览 3修改于2012-05-21得票数 3
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我尝试使用biopython blast工具在python脚本中的两个序列之间运行成对blast。通过向blast_cline添加参数db='blast_database'，我可以在本地数据库上运行blast。我的代码： from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.
浏览 32修改于2019-02-10得票数 0
我正尝试在装有Ruby1.9.3和BioRuby 1.4.3_0001的Windows XP机器上使用BioRuby执行BLAST搜索。= Bio::Blast.remote('blastp', 'swissprot',
seq = Bio::Sequence::AA.new('MFRTKRSALVRRLWRSRAPGGEDEEEGAG
浏览 11提问于2013-07-11得票数 1
我被告知，一种交互式的vs可以将所有同源/正交结构更新到一个文件中，然后从数据库中删除它们并重复这些过程，直到无法执行更多相关的BLAST搜索为止，这可能是一种解决这个问题的方法，但尽管我做了很多努力，例如：
如果有3个生物和4个基因，如果BLAST结果显示Gene_1存在于Organisms_1中，2；Gene_2存在于所有生物体中，Gene_3仅存在于Organism_1中，Gene_4仅存在于Organism
浏览 0提问于2015-08-04得票数 2
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我正试图在我的电脑上本地复制我使用BLAST在他们的网站上运行mirbase得到的东西。“搜索序列”选项是:成熟的miRNA，我已经下载到我的计算机上，并使用以下命令将其作为BLAST数据库：.mirbase上，在分析结束时，它们会给出以下参数设置：搜索算法: BLASTN序列数据库:成熟Evalue截止值: 10最大比对: 100字大小:4匹配分数：+5失配惩罚：-4
这是我在电脑上使用的BLASTtestinputblast.fasta -task "blastn" -out /home
浏览 3提问于2017-11-20得票数 0
我正尝试在我的机器(Mac)上运行独立的ncbi-blast-2.2.28+，但在运行SwissProt数据库的blastp时收到以下错误信息：1)从ncbi服务器下载ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz并解压缩3)在"/Users/me/bin“中，我创建了一
浏览 1提问于2013-06-30得票数 0
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