使Blast搜索花费更长的时间

Question

我指的是这个链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/，在单机上尝试blast搜索。我从NCBI网站上下载了blast应用程序和refseq_rna blast数据库。blast搜索只需要几秒钟就能得到结果。我想问一下，有没有什么方法可以让blast搜索花更多的时间在blast数据库中搜索匹配的序列？

Answer 1

BLAST是一种启发式方法，它被设计得非常快。此外，NCBI接口上的一些结果也是预先计算的。为什么你希望这个过程花费更长的时间，我无法想象，但你可以尝试运行Smith-Waterman比对算法，这将找到真正的最佳匹配，并且在大型数据库上花费的时间比BLAST要长得多。

Answer 2

也许你可以告诉我们为什么你想放慢速度！？

但是，就其价值而言，使用-W选项减小单词大小。