Biopython本地BLAST数据库错误

Question

我尝试使用Biopython的NcbiblastxCommandline工具在"nr“数据库中本地运行blastx，但我总是得到以下关于蛋白质数据库搜索路径的错误：

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> nr = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal"
>>> infile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt"
>>> blastx = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx"
>>> outfile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml"
>>> blastx_cline = NcbiblastxCommandline(blastx, query = infile, db = nr, evalue = 0.001, out = outfile)
>>> stdout, stderr = blastx_cline()
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File     "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 443, in __call__
stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Command '/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -out /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml -query /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal -evalue 0.001' returned non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal] in search path [/Users/Priya::]'

我不确定如何更改路径以指向我下载的nr数据库，但我认为我正确地指向了它，因为我可以从命令行运行此代码，而不会出现任何问题：

Priyas-iMac:~ Priya$ /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -query /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr -out /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_local.xml -evalue 0.001 -outfmt 5

正如我所期望的那样，上面的命令行代码创建了blast结果的xml文件。

使用Biopython NCBI命令行工具解决此问题的任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

您的nr变量以nr.pal结尾。nr (没有.pal)应该没问题。如果移除pal不起作用。您可以尝试在包含以下内容的主目录中设置.ncbirc文件：

[BLAST]
BLASTDB=/directory/path/to/blast/databases

它基本上设置了一个用于blast数据库查找的环境变量。然后，您可以简单地在nr变量中使用nr (不需要路径)。

顺便说一下，您可以使用print blastx_cline检查由NcbiblastxCommandline构造的命令行。我猜它和你手动输入的不一样。

编辑:查看http://www.biostars.org/，了解与StackExchange格式类似的生物信息学特定问题。

Answer 2

看起来有效的命令列出了一个不同的数据库，而不是从代码示例中调用的数据库：

# In the code
-db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal

与

# From the command line
-db /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr

尝试将该路径的赋值更改为第2行中的nr，以便它反映您在命令行中使用的不带'.pal‘的路径。