blast数据库索引错误

Question

当我运行tblastn时，我得到了以下错误消息

T BLAST -query ~/seq.fa -out ~/seq.out -db ~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr -num_alignments 20000 blast数据库错误:在搜索路径~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/bin::/directory/path/to/blast/databases:中找不到核苷酸数据库的别名或索引文件~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr

在/db中，对于从00到16的所有nr文件，即nr.00.phr等，都有nr文件，其扩展名为phd、phi、phr、pin、pnd、pni、pgo、ppd、ppi、psd、psi和psq。

如果索引文件是db文件夹中的这些文件之一，为什么blast找不到它们？

nr包含代表性基因组是因为这是我想要使用的吗？

微生物数据库呢？

非常感谢

Answer 1

Blast找不到nr数据库，因为它正在查找名为nr.phd、nr.phi等的文件...如果在~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/中创建名为nr.pal的文件，其中包含以下内容：

TITLE nr database
DBLIST  nr.00 nr.01 nr.02 nr.03 nr.04 nr.05 nr.06 nr.07 nr.08 nr.09 nr.10 nr.11 nr.12 nr.13 nr.14 nr.15 nr.16

您的命令应该会起作用。让我知道它如何goes....good运气，保罗