使用BioPython运行BLAST查询

Question

我想

1. BLAST几个序列
2. 从每个查询中检索前100次左右的点击量
3. 池下载的序列
4. 删除重复项

我怎样才能在BioPython中做到这一点？

Answer 1

 from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("myfasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
    print result_handle.read()

上面是您自定义的seq文件，它是为internet BLAST提供的。

您以后可以按自己的意愿使用NCBIXML使用result_handle (即获得前100名，删除重复项)。

Answer 2

当然可以- 本教程解释了如何在本地和NCBI中运行BLAST，以及如何解析结果。我将把实际的实现作为练习留给您！