blast无法创建单位计数容器。

Question

我建立了一个当地的数据库。但是，当我运行blastn命令时，我得到了以下错误消息：

"/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp"，T0第170行:错误: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::DiscoverStatType() -无法打开 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp"，T0第271行:错误:ncbi：：CSeqMaskerIstatFactory：：T0()-无法创建一个单位计数容器

我使用这个命令创建blast本地数据库：

makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl 

这是我执行爆炸的命令：

blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt

任何帮助都是真正的appreciated..thanks

Answer 1

似乎您需要先创建WindowMasker文件：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/

具体而言，提到步骤1的链接内容：

1

Answer 2

如果窗口掩蔽符不是绝对要求，请考虑RepeatMasker

有多个安装步骤，但您的安装步骤非常简单。我发现他们的文档比窗口掩蔽文档更好，而且他们声称有更好的掩蔽覆盖率。

(我的经验是使用免费的HMMER/Dfam选项。)

(我再听文斯关于建立掩蔽数据库的要求.你试过在没有窗口掩蔽器选项的情况下运行相同的blastn吗？)