本地BLAST Swissprot数据库错误

Question

我正尝试在我的机器(Mac)上运行独立的ncbi-blast-2.2.28+，但在运行SwissProt数据库的blastp时收到以下错误信息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

下面是我所做的：

1)从ncbi服务器下载ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz并解压缩

2)将文件夹的bin内容移动到我的$PATH目录"/Users/me/bin“

3)在"/Users/me/bin“中，我创建了一个"db”文件夹，以及包含以下路径的".ncbirc“文件：

[BLAST]
BLASTDB=/Users/me/bin/db

4)我下载了用户数据库，并在“/ SwissProt /me/bin/db/”中获得了以下文件：

swissprot.00.msk
swissprot.01.msk
swissprot.02.msk
swissprot.03.msk
swissprot.04.msk
swissprot.05.msk
swissprot.06.msk
swissprot.07.msk
swissprot.08.msk
swissprot.09.msk
swissprot.10.msk
swissprot.00.pal
swissprot.01.pal
swissprot.02.pal
swissprot.03.pal
swissprot.04.pal
swissprot.05.pal
swissprot.06.pal
swissprot.07.pal
swissprot.08.pal
swissprot.09.pal
swissprot.10.pal
swissprot.pal

然后，当我从任何工作目录(我的查询文件所在的目录)运行blastp时，使用以下命令：

blastp -query input.fasta -db swissprot

我得到以下错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

在阅读其他线程时，我还尝试在命令行中提到db所在的完整路径，并从文件名中删除.pal扩展名。但还是不起作用。

有人能看到我做错了什么吗？！

Answer 1

您将数据库文件存储在db文件夹中，因此您必须提供此命令，而不是您使用的命令：

blastp -query input.fasta -db db/swissprot

我相信您正在寻找控制台本身的输出，因为您没有使用过-out选项。

此外，只有当db文件夹所在的bin目录被声明为环境变量时，这才会起作用。

Answer 2

你检查过.pal文件中的路径了吗？

Answer 3

您下载的Swissprot数据库只包含到nr数据库中条目的链接："nr - Non-redundant GenBank CDS translations + PDB + SwissProt + PIR + PRF，不包括env_nr中的条目“。因此，您应该另外下载nr数据库，以便在安装了SwissProt数据库的机器上运行独立的blast。它的重量约为20 (!)Gb，但没有它，你的爆炸将无法工作。这里有一个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/