本地BLAST NCBI C++异常

Question

我在试图对本地nt数据库使用blast v2.12时出错。我从ftp服务器上下载了两次nt，认为它第一次损坏了，但这并没有改变任何事情。

我的命令是：

blastn -db nt -num_threads 8 -outfmt "6 qseqid sacc stitle ssciname nident qlen" -num_alignments 10000 -query QUERY > OUT.csv

错误是：

Error: NCBI C++ Exception:
    T0 "/build/ncbi-blast+-S1iyIZ/ncbi-blast+-2.9.0/c++/src/serial/objistrasnb.cpp", line 499: Error: byte 90: overflow error ( at [].[].gi)
    T0 "/build/ncbi-blast+-S1iyIZ/ncbi-blast+-2.9.0/c++/src/serial/member.cpp", line 769: Error: ncbi::CMemberInfoFunctions::ReadWithSetFlagMember() - error while reading seqid ( at Blast-def-line-set.[].[].seqid.[].[].gi)

我尝试过多次查询。以下实际工作：

TGTTCACACCTCACTTCTTAACTATTATATCATTATTTTGACAAACAGACTACAAATGTAATATTATTGGATTACATTTGTAGTACAAAAGGAGGAAGAGATGAAAAAAATTTATATTAGTGTGCTAGTTCTTTTACTAATTATGATTATAATAACTTGGTTATTCAAAGATGACGATATTGAGAAAACAATTAGTTCTATTGAAAAAGGAAACTATAACGAAGTATATAAAAATAGTTCAGAAAAATCTAAACTGGCATATGGAGAAGAAGAAATTGTAGATAGGAATAAAAAAATTTACAAAGATTTAAGTGTCAATAACTTAAAAATTACTAATCATGAAATTAAAAAAACTGGAAAAGATAAAAAGCAAGTTGATGTTAAATATAACATATATACAAAATATGGAACTATACGACGTAATACACAATTAAACTTTATTTATGAAGATAAGCATTGGAAATTAGATTGGAGACCAGACGTAATAGTACCTGGTTTGAAAAATGGACAGAAAATTAATATAGAAACATTAAAATCAGAGCGAGGCAAAATAAAAGATAGAAATGGTATAGAATTAGCTAAAACTGGAAATACATATGAAATCGGTATTGTCCCTAACAAAACACCCAAAGAAAAATATGATGATATTGCTCGTGACTTACAAATTGATACAAAAGCTATAACCAATAAAGTTAATCAAAAATGGGTTCAGCCAGATTCATTTGTACCAATTAAAAAGATAAATAAACAAGATGAATATATAGACAAATTAATTAAATCATACAATTTACAAATAAACACTATAAAAAGCCGTGTTTATCCATTGAACGAAGCAACAGTACACCTTTTAGGTTATGTGGGTCCAATTAATTCTGACGAGTTAAAAAGTAAGCAATTTAGAAACTATAGCAAAAATACTGTTATTGGAAAAAAAGGCTTAGAACGCCTCTATGATAAACAATTGCAAAACACTGATGGTTTTAAGGTATCCATTGCAAATACTTATGACAATAAACCTTTAGACACATTATTGGAGAAAAAGGCTGAAAACGGAAAAGATCTTCATTTAACTATAGATGCTAGAGTACAAGAAAGTATTTATAAACATATGAAAAATGACGATGGATCTGGTACAGCATTACAACCAAAAACTGGAGAAATTTTAGCTTTGGTAAGTACCCCATCGTACGATGTTTATCCATTCATGAATGGATTAAGCAATAATGACTACCGTAAATTAACTAACAATAAAAAAGAGCCTTTGCTCAACAAATTTCAAATCACTACATCACCAGGTTCAACCCAAAAAATATTAACATCTATTATAGCCTTAAAAGAAAATAAACTAGACAAAAATACTAATTTTGATATTTATGGTAAGGGTTGGCAAAAAGATGCATCATGGGGTAATTATAATATCACAAGATTTAAAGTAGTAGACGGCAATATCGATTTAAAGCAAGCAATAGAATCATCAGACAACATATTTTTTGCCCGCATTGCATTAGCATTAGGAGCCAAAAAATTTGAGCAAGGTATGCAAGATTTGGGAATCGGTGAAAATATCCCGAGTGATTATCCCTTTTATAAAGCACAAATCTCAAATAGTAATTTAAAAAATGAAATATTATTAGCAGATTCAGGATATGGCCAAGGCGAGATACTAGTAAACCCTATACAAATTTTATCAATATACAGTGCTTTAGAAAATAACGGAAATATACAAAATCCTCATGTTTTACGTAAAACAAAATCTCAAATATGGAAAAAAGATATTATACCTAAAAAAGACATAGATATATTAACTAATGGTATGGAACGTGTAGTTAATAAAACACATAGGGATGATATATACAAAAATTATGCCCGAATTATTGGTAAATCTGGCACAGCAGAATTAAAAATGAATCAAGGGGAAACTGGAAGACAAATAGGTTGGTTTGTTTCATATAATAAAAATAATCCTAATATGTTAATGGCGATTAATGTTAAAGACGTTCAAAATAAAGGGATGGCCAGCTATAATGCTACTATATCTGGAAAAGTTTATGATGATTTGTATGATAATGGAAAAACTCAATTTGATATAGATCAGTAATTCGAATACTTCTTTTGACTTGGTATTAATTAAAAATAATAGTGAGAAGCGTTTCCACAAAGATTACATTTGTAATATATAGGAGGAATAAAATTGAAAA

但是这个(和其他)不起作用：

ATGAAAAAGATAAAAATTGTTCCACTTATTTTAATAGTTGTAGTTGTCGGGTTTGGTATATATTTTTATGCTTCCAAAGATAAAGAAATTAATAATACTATTGATGCAATTGAAGATAAAAATTTCAAACAAGTTTATAAAGATAGCAGTTATATTTCTAAAAGCGATAATGGTGAAGTAGAAATGACTGAACGTCCGATAAAAATATATAATAGTTTAGGCGTTAAAGATATAAACATTCAGGATCGTAAAATAAAAAAAGTATCTAAAAATAAAAAACGAGTAGATGCTCAATATAAAATTAAAACAAACTACGGTAACATTGATCGCAACGTTCAATTTAATTTTGTTAAAGAAGATGGTATGTGGAAGTTAGATTGGGATCATAGCGTCATTATTCCAGGAATGCAGAAAGACCAAAGCATACATATTGAAAATTTAAAATCAGAACGTGGTAAAATTTTAGACCGAAACAATGTGGAATTGGCCAATACAGGAACAGCATATGAGATAGGCATCGTTCCAAAGAATGTATCTAAAAAAGATTATAAAGCAATCGCTAAAGAACTAAGTATTTCTGAAGACTATATCAAACAACAAATGGATCAAAATTGGGTACAAGATGATACCTTCGTTCCACTTAAAACCGTTAAAAAAATGGATGAATATTTAAGTGATTTCGCAAAAAAATTTCATCTTACAACTAATGAAACAAAAAGTCGTAACTATCCTCTAGGAAAAGCGACTTCACATCTATTAGGTTATGTTGGTCCCATTAACTCTGAAGAATTAAAACAAAAAGAATATAAAGGCTATAAAGATGATGCAGTTATTGGTAAAAAGGGACTCGAAAAACTTTACGATAAAAAGCTCCAACATGAAGATGGCTATCGTGTCACAATCGTTGACGATAATAGCAATACAATCGCACATACATTAATAGAGAAAAAGAAAAAAGATGGCAAAGATATTCAACTAACTATTGATGCTAAAGTTCAAAAGAGTATTTATAACAACATGAAAAATGATTATGGCTCAGGTACTGCTATCCACCCTCAAACAGGTGAATTATTAGCACTTGTAAGCACACCTTCATATGACGTCTATCCATTTATGTATGGCATGAGTAACGAAGAATATAATAAATTAACCGAAGATAAAAAAGAACCTCTGCTCAACAAGTTCCAGATTACAACTTCACCAGGTTCAACTCAAAAAATATTAACAGCAATGATTGGGTTAAATAACAAAACATTAGACGATAAAACAAGTTATAAAATCGATGGTAAAGGTTGGCAAAAAGATAAATCTTGGGGTGGTTACAACGTTACAAGAAATAAAGTGGTAAATGGTAATATCGACTTAAAACAAGCAATAGAATCATCAGATAACATTTTCTTTGCTAGAGTAGCACTCGAATTAGGCAGTAAGAAATTTGAAAAAGGCATGAAAAAACTAGGTGTTGGTGAAGATATACCAAGTGATTATCCATTTTATAATGCTCAAATTTCAAACAAAAATTTAGATAATGAAATATTATTAGCTGATTCAGGTTACGGACAAGGTGAAATACTGATTAACCCAGTACAGATCCTTTCAATCTATAGCGCATTAGAAAATAATGGCAATATTAACGCACCTCACTTATTAAAAGACACGAAAAACAAAGTTTGGAAGAAAAATATTATTTCCAAAGAAAATATCAATCTATTAACTGATGGTATGCAACAAGTCGTAAATAAAACACATAAAGAAGATATTTATAGATCTTATGCAAACTTAATTGGCAAATCCGGTACTGCAGAACTCAAAATGAAACAAGGAGAAACTGGCAGACAAATTGGGTGGTTTATATCATATGATAAAGATAATCCAAACATGATGATGGCTATTAATGTTAAAGATGTACAAGATAAAGGAATGGCTAGCTACAATGCCAAAATCTCAGGTAAAGTGTATGATGAGCTATATGAGAACGGTAATAAAAAATACGATATAGATGAATAA

根据查询的不同，错误的第二行中的字节值会发生变化。看起来这个数据库确实有问题，但是我已经下载了两次，并且得到了相同的错误。

Answer 1

简单的解决方案，爆炸版本不是目前使用sudo apt-get.从NCBI FTP下载最新的blast可执行文件，如果问题是相同的，问题就解决了

Answer 2

我遇到了同样的问题，你解决了吗？我检查了我的序列，我没有发现任何问题。

但是当我用相同的参数和早期版本序列尝试这个程序时，错误就消失了。

早期版本的序列是fasta格式。长序列被划分为几条线。(没有合并成一行)

我还是不知道为什么，但这条信息也许会有帮助。