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blast比对
2009年 7 月，NCBI 发布了 BLAST 升级版——BLAST+，BLAST+使用了 BLAST 的核心算法，延续了 BLAST 的优势功能，发展并增强了如 BLAST 的 fastacmd 程序 BLAST+是一个全新设计的程序，在性能以及易用性上均有了很大提高，清晰的模块化将会极大地提高维护者的效率。NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST，使用 BLAST+工具。 数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引，索引 index，是目录的意思。 ftp 地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 4.2 blast 数据库下载 #下载 blast nt 数据库 for i in {00..50};do echo 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 计算资源有限。
3.4K11编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信喵实验柴
blast的应用
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时，可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对，鉴定未知序列。 #nt库比对 blastn -db nt -query assembly.fasta -out blast.out -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 12 二、基因功能注释 /;done; #与质粒库进行 blast 比对 blastn -query assembly.fasta -db .. 将两个基因集氨基酸序列进行 blast 比对，将比对上的序列 ID 筛选出来。 相比于 blast程序，具有以下特点。
2.2K10编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信技能树
软件介绍之BLAST
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对 BLAST has many subtle functions that most users never need. 一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1. 用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具，blastn,blastp 3. 运行工具，有必要的还可以对输出结果进行修饰 2. 建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。 ?
2K20发布于 2021-07-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
Magic-BLAST简单介绍
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections. 论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表，自己是在 / 介绍 https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档 下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast
1.3K30发布于 2020-03-03 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Blast (序列比对)
?
1.3K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
Circoletto可视化Blast结果
offline use） https://github.com/infspiredBAT/Circoletto 各有优缺点：网页版对上传文件大小有限制，最大文件20M；本地版安装依赖Bioperl，Blast 最简单的用法：直接上传Blast结果，然后点运行就可以（输出结果png或者svg格式可选） 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子，下载下来上传运行，结果 ? 自己运行blast，然后上传结果 #构建数据库 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
1.3K10发布于 2020-03-03 - 来自专栏Listenlii的生物信息笔记
rBLAST:跑blast的R包
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题，我看他用的blast的命令比较奇怪，一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。 mhahsler/rBLAST library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast #寻找本地可用的blast Sys.which("blastn") #如果找不到需要自己设置环境变量 Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="") #dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast
3.3K21发布于 2020-06-01 - 来自专栏微生态与微进化
序列比对：双序列比对与BLAST
双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列，能迅速与公开数据库进行相似性序列比较，BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。 此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示： 软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report
6K30编辑于 2022-12-31 - 来自专栏软件
可视化你的BLAST结果
我们做本地中运行BLAST后，往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果，这会给我们带来一定的烦恼。 今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具：Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果，并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。 实例操作 BLAST的一些基本参数 首先，先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列，用以搜索的目标序列。（例子，某些生物的基因序列）。 该比对，是经过BLAST的算法后得出的，query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图，在query和subjects中，就有两段能够比对上的片段。 可视化BLAST的结果接着就是重头戏，如何进行可视化BLAST的结果。首先，你可以移动鼠标，然后点击到其中一段的比对。
3.3K100发布于 2018-01-23 - 来自专栏BioIT爱好者
为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？
Biopython 中的 BLAST 提供了 over the Internet 和 locally 两种选择：Bio.Blast.NCBIWWW 主要是基于 NCBI BLAST API 用于在线比对 ；Bio.Blast.Applications 模块则是调用本地安装好的 BLAST 程序以及数据库执行比对。 在这里我们来重点看一下 Bio.Blast.NCBIWWW 。 Bio.Blast.NCBIWWW 模块中主要是通过 qblast() 函数来调用 BLAST 的在线版本。 默认情况下，它连接到 NCBI（即 url_base='https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi'），但是可以使用它连接到云端运行的 NCBI BLAST 实例。 但是，BLAST 解析器的解析功能采用了类似于文件句柄的对象，因此我们可以打开保存的文件进行输入： >>> result_handle = open("my_blast.xml") 现在我们已经将 BLAST
2.6K10发布于 2021-10-15 - 来自专栏存储
建立本地的Blast数据库
Blast(basic local alignment search tool) 局部序列比对基本检索工具，是NCBI开发的一款基于序列相似性的数据库搜索程序。 主要的BLAST程序有以下几种： BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索，但是不方便进行大批量的数据操作， 接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法，BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。 BLAST程序的官方下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件，其中*.md5是效验文件 小编下载的是windows的一个压缩包版本，解压后得到这样一个文件夹： 进去后可以看到目录结构并不复杂，readme文件对BLAST作了一个简要的介绍: bin文件夹通常是主程序的文件夹，我们进去后看到很多
7.4K91发布于 2018-01-24 - 来自专栏生信小王子
生信基础 | 使用BLAST进行序列比对
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。 ## 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64- linux.tar.gz ## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前，我们首先需要构建数据库。
6.5K31发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信菜鸟团
BLAST—序列相似性搜索必备神器
与此同时，NCBI 推出的 C++ Toolkit 项目也促使 BLAST 的维护者决定从零开始，重新开发 BLAST 代码。 2009 年 7 月，NCBI 发布了全新的 BLAST+ 。 BLAST+ 在继承 BLAST 核心算法和优势功能的基础上，进行了模块化重构，提升了性能和可维护性。 由于 BLAST+ 在性能和可扩展性方面的显著提升，NCBI 也建议用户放弃旧版 BLAST，转而使用 BLAST+。 BLAST 常用程序 网页端：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 网页端 命令 查询序列 数据库 适用场景 blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白功能预测、同源比对 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast
1.5K10编辑于 2025-03-12 - 来自专栏聊点学术
核酸序列的BLAST到底该怎么做？
那么，为什么要做BLAST呢？因为我们要看看自己设计的引物特异性到底怎么样，这直接关系到后期PCR能否顺利进行。 所以，到底该怎么操作和解读BLAST呢？ 本文，小编将以“核酸序列BLAST的操作过程和结果解读”为例，做一说明。 ---- 1 — BLAST网址 打开浏览器输入以下网址： https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 见到以下界面后，顺手点击Nucleotide BLAST 2 — 开始BLAST 点击Nucleotide BLAST，跳转至以下界面： ? 把这些参数都设置好之后，点击Blast。等待一段时间，待页面完全稳定后得到如下结果。 ? 3 — 结果解读 文章开始提到，BLAST结果是以评分的方式呈现。因此解读这些评分是很重要的。
2.1K20发布于 2020-07-21 - 来自专栏生信技能树
blast2go本地化-2017教程
Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下： 主要参考： http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。 （名字随意），解压上述文件，并将所有文件都放到blast2go目录下，然后cd到blast2go目录下，进行后续操作，文件总共有这几个： b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';" mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;" blast2go blast4it 测试 理论上，上述的步骤都没报错的话，下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5
4K20发布于 2018-09-21 - 来自专栏生信技能树
blast简介及格式解读及练习题
4.2）blast采用的是什么算法 4.3）和动态规划算法相比，blast 的算法有什么优点？ 4.4) blast和FASTA软件算法之间的区别是什么？ 4.5) blast核酸比对中默认的word是多少？ 4.6）word的大小是如何决定blast的运行速度？ 4.7）blast比FSAT软件搜索速度快的原因是什么？ 4.8) blast是对什么建立索引的？ 4.9）blast建立索引的目的是什么？ 4.10）blast比对输出的结果有哪些格式 4.11）在M8格式中共有多少列，每一列代表的是什么意思？ 1) 查看 blast.test 文件的前6行 head -6 blast.test 2) 统计blast.test文件中共有多少行，多少列 wc -l blast.test head -1 blast.test 文件 head -500 blast.test > miniblast.text 思考一下，有没有可能不需要新建miniblast.text 文件 5) 删除原文件 blast.test rm blast.test
3K30发布于 2018-09-21 - 来自专栏作图丫
跟着小鱼头学单细胞测序-细胞注释Cell BLAST
Cell BLAST 过去十年的技术进步形成了大规模单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据的快速积累。 小编在这里给大家介绍一款单细胞注释工具Cell BLAST。这款细胞查询工具基于神经网络模型，可有效处理批次效应，并提供细胞间相似性的度量。 其文章通过两个实验数据证明Cell BLAST 可进一步用于预测连续细胞的分化潜力和识别新细胞类型。 算法简介 Cell BLAST 使用基于神经网络模型，使用参考单细胞转录组数据，以无监督的方式学习从高维转录组空间到低维空间的非线性映射，并通过以下方式校正参考批次效应。 Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST.
1.4K20编辑于 2022-03-29 - 来自专栏全栈程序员必看
blast+本地化中blastp操作(基于PDB库)—linux
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库 /blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh @master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast -2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径 # ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)
4.4K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏Listenlii的生物信息笔记
RAPSearch2: 比BLAST快的多的蛋白序列比对
BLAST是非常经典的比对算法，后来出现的BLAT速度能比BLAST快100倍，但是对于非常相似的序列比对，结果会丢失一部分(>20%)相似性较低的结果。 RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比对的工具，速度比BLAST快~20-90倍。但是内存占用比较大。RAPSearch结果丢失的比例<5%。
1.1K21发布于 2020-06-01 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
使用R语言包RIdeogram展示blast双序列比对结果
6138821 cccccc 6 11 10861038 10886821 10 8099058 8011502 cccccc 了解了基本的数据输入格式，那么我们就可以将blast 首先是使用blast比对 构建数据库 makeblastdb -in mt.fasta -dbtype nucl -out mt 比对 blastn -query cp.fasta -db mt -outfmt
2K11发布于 2020-09-03
腾讯云开发者
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