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问BLAST比对算法的Python实现？
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Stack Overflow用户

提问于 2010-08-14 02:09:49

回答 2查看 3.6K关注 0票数 7

有人知道BLAST对齐的纯python实现吗？我正在努力研究这个算法...

python

alignment

blast

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2011-04-28 16:50:17

事实上，一个完整的BLAST算法的实现是相当困难的。它有很多步骤和优化。你可以做的是:看看O‘’Reilly的BLAST书，一个非常好的解释，看看NCBI的Blast代码库，它很大，一眼就很难理解，或者，我建议你看看其他的BLAST实现，或者可能是，像BLAT和吉诺格尔(http://genoogle.pih.bio.br/)的其他算法。

票数 3

Stack Overflow用户

发布于 2010-08-17 14:34:36

尝试查看BioPython：

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

票数 -1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/3479569

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