在biopython中使用成对blast的问题

Question

我尝试使用biopython blast工具在python脚本中的两个序列之间运行成对blast。

通过向blast_cline添加参数db='blast_database'，我可以在本地数据库上运行blast。但是如果我将这个参数替换为subject='tmp_subject.fas'，它就不起作用了。

我的代码：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline

blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5, out='tmp.xml')

blast_cline()

我收到此错误消息：

Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 3 from 'blastn -out tmp.xml -outfmt 5 -query tmp_query.fas -evalue 1 -subject tmp_subject.fas', message 'BLAST engine error: Empty CBlastQueryVector'

Answer 1

这应该是可行的：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5)()[0]
print(blast_cline)