尝试使用BLAST在本地重现mirbase结果

Question

我正试图在我的电脑上本地复制我使用BLAST在他们的网站上运行mirbase得到的东西。“搜索序列”选项是:成熟的miRNA，我已经下载到我的计算机上，并使用以下命令将其作为BLAST数据库：./makeblastdb -in /home/marianoavino/Downloads/mature.fa -dbtype 'nucl' -out /home/marianoavino/Downloads/mature然后在mirbase上，我看到它们使用的e值为10，我将其留在本地。在mirbase上，在分析结束时，它们会给出以下参数设置：

搜索参数

搜索算法: BLASTN序列数据库:成熟Evalue截止值: 10最大比对: 100字大小:4匹配分数：+5失配惩罚：-4

这是我在电脑上使用的BLAST命令行

./blastn -db /home/marianoavino/Downloads/mature -evalue 10 -word_size 4 -query /home/marianoavino/Downloads/testinputblast.fasta -task "blastn" -out /home/marianoavino/Downloads/testBLast.out

两个分析的结果是不同的，mirbase发现了比本地BLAST多得多的东西。

你知道我应该在本地blast命令行中使用哪些参数来匹配列出的mirbase参数，以便获得相同的答案吗？

Answer 1

不同的结果可能有很多原因，包括你使用的blast版本和他们使用的版本，参数(就像你说的)和数据库的差异(记住，数据库大小是用来计算evalue之类的东西的，所以你可能会得到不同的结果)。

精确复制结果可能很困难，但问题是差异有意义吗？仅仅因为对齐有一些evalue ( 10是异常高的值)并不意味着它是有意义的。对于给定的序列，如果搜索产生不同数量的比对，但相同数量的高质量比对(高比特率，低evalue，查询和主题序列之间的完全比对)，这有关系吗？

我会尝试比较结果，看看这些差异在哪里，然后继续前进