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如何使用Bioperl运行'mpileup‘？
当尝试使用Bio::Tools:: run ::Samtools运行mpileup时，我发现'mpileup‘没有注册。我做错了什么？
浏览 4提问于2013-04-01得票数 0
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我无法通过cpanm安装BioPerl模块。OKBuilding and testing BioPerl-1.006922 ... FAILConfiguring BioPerl-1.006922 ... OK!Testing BioPerl-1.006922 failed but installing it
浏览 3提问于2014-04-28得票数 2
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我发现，如果我的fasta文件以单行序列结尾，那么Bioperl返回的序列将有一个核苷酸缺失。如果fasta文件以新行结尾，则返回完整序列。不明白为什么？这是fasta文件以空的新行结尾的要求吗？
浏览 1提问于2012-07-06得票数 1
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在这里，我尝试在perl环境中使用Bioperl模块。我的配置是
use Bio::Perl; // Is working without error#!我知道Perl和bioperl也在系统路径中。有人能指出我做了哪些
浏览 3修改于2011-01-15得票数 1
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我已经安装了bioperl，但是不知道从哪里获得它，以及在哪里运行我测试过的bioperl program.Then，它是成功的，我已经为多个seq运行了一个程序。对齐。
浏览 1修改于2014-06-03得票数 1
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我试着在我的PC上安装一个新版本的BioPerl，没有根，并得到错误与太旧的版本所需的模块。所以我把它们安装到一个自定义目录中。我的尝试：my $lib=catdir('home','user','my','lib');
push@IN
浏览 4提问于2014-05-22得票数 0
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我正在尝试在5.20.0版的Perl环境中安装Bioperl包，但是我无法进入这些东西。网站的想法和建议各不相同，这会让我感到不安。请给我推荐一下在Ubuntu 12.04LS中安装Bioperl的协议。
浏览 7提问于2014-06-02得票数 0
我通过CPAN安装了BioPerl。几次测试都失败了，我强行安装了它。我现在想通过ubuntu软件中心安装它。
谁能描述一下如何使用给定的方法删除通过CPAN安装的BioPerl。
浏览 6提问于2012-08-15得票数 0
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我正在使用perlbrew，我想安装最新的bioperl版本。我应该使用cpanm还是git？更新bash：$ PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$ PERL5LIB“tcsh：$ setenv PERL5LIB "$HOME/src/
浏览 0修改于2010-09-24得票数 1
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BioPerl包有一些很好的脚本，比如将文件从genbank格式转换为GFF3格式的bp_genbank2gff3.pl。一位亲爱的BioPerl邮件列表成员告诉我，他使用来自BioPerl存储库的最新BioPerl版本，并获得正确的结果("locus_tag=")。我得到了一份新的副本，但它对我不起作用。太奇怪了！重新创建情况的步骤：$ git clone http://github.com/bioperl/<
浏览 1修改于2010-09-19得票数 2
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我一直在使用的模块来检索带有数字ID的Entrez基因名称。(对我来说)最奇怪的事情是，即使我只运行文档中的示例代码，也会发生这种情况。例如，如果我运行以下命令：use warnings; whil
浏览 0修改于2020-06-20得票数 1
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因此，我从我下载的seqio.pm目录中复制了bioperl，并将其放在/opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level目录中Failed 2/211 test programs. 28/13892 subtests failed. CJFIELDS/BioPerlNOT OK
//hint/
浏览 0修改于2021-08-09得票数 0
按照安装说明升级CPAN
“安装CJFIELDS/BioPerl当从GitHub克隆bioperl时(同步到修改73c446c69a77)并试图以这种方式安装时，我得到了相同的结果。
浏览 28提问于2016-03-18得票数 2
现在我正在尝试使用一个需要bioperl的脚本。我检查了当前使用的Perl是anaconda。我不知道这是bioperl没有被anaconda perl调用/安装的问题，还是在执行脚本的过程中，也许脚本中的这行应该指明其他什么。Perl --> Working on Bio::Perl
Fetching http://www.cpan.org/
浏览 7修改于2019-10-08得票数 2
我想访问数据库集成以获得一些有用的信息，比如基因的序列，我遇到了以下问题：
我已经安装了ActivePerl和API所需的API，我的bioperl脚本从命令提示符中完美地运行。
浏览 4修改于2012-09-20得票数 0
我有一个bam文件，并使用bioperl (Bio::DB::Sam)来处理它。现在我想问一下，是否有可能在此文件的路线中添加标记？
浏览 4修改于2020-09-15得票数 1
我已经用GFF3商店对象(BIO: DB :SeqFeature: Store )创建了一个BioPerl DB，我自己从Blastx结果创建了GFF3文件，并创建了一系列我自己的标记作为属性。现在，我将从BioPerl为我创建的数据库中获取此值。请帮帮我！非常感谢。
浏览 2提问于2012-09-24得票数 0
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