BioPerl模块Bio::DB::EntrezGene不再工作

Question

我一直在使用BioPerl的Bio::DB::EntrezGene模块来检索带有数字ID的Entrez基因名称。

这在几个月内都运行得很好，就在两周前。不过，最近它只返回了一个错误。

(对我来说)最奇怪的事情是，即使我只运行文档中的示例代码，也会发生这种情况。例如，如果我运行以下命令：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;

my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;

my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
    while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
            print "id is ", $seq->display_id, "\n";
    }

exit;

我明白了：

Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
  {
    track-
 at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171

如果任何人对可能发生的事情以及如何修复它有任何想法，将不胜感激。谢谢!

Answer 1

您似乎在此模块所依赖的数据中存在错误。此文件夹中有什么？

/var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!

它是如何生成的？

更新

你可能很高兴知道我也有同样的缺点。数据是从互联网上下载的，数据源已损坏。我不知道该联系谁，但这就是问题所在。